ชุมชนปาดังเบซาร์เป็นชุมชนชายแดนไทย–มาเลเซีย มีการติดต่อซื้อขายระหว่างกันมาเป็นเวลานานแล้ว และเป็นชุมชนที่มีความเจริญเติบโตอย่างรวดเร็ว มีผู้เข้ามาทำการค้า รวมทั้งมาตั้งหลักแหล่งเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ในระยะหนึ่งได้มีความเจริญพอสมควรจึงได้ขอจัดตั้งเป็นสุขาภิบาล ซึ่งกระทรวงมหาดไทยได้ประกาศยกฐานะชุมชนปาดังเบซาร์เป็นสุขาภิบาล ตามประกาศลงวันที่ 17 กรกฎาคม 2510 ในท้องที่บางส่วนของตำบลทุ่งหมอ ครอบคลุมพื้นที่หมู่ที่ 7 และหมู่ที่ 9 โดยอาศัยความตามพระราชบัญญัติสุขาภิบาล พ.ศ. 2495 ให้ชื่อว่า สุขาภิบาลปาดังเบซาร์[3] ในปี พ.ศ. 2511 กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศมอบหมายให้สุขาภิบาลปาดังเบซาร์ จัดหาประโยชน์ในที่ดินของรัฐ ในท้องที่ หมู่ที่ 7 และหมู่ที่ 9 ตำบลทุ่งหมอ อำเภอสะเดา จังหวัดสงขลา เพื่อนำรายได้มาบำรุงท้องถิ่น ต่อมาราษฎรเข้ามาตั้งหลักแหล่งมากขึ้น ทำให้เกิดความหนาแน่นของชุมชน จึงมีการแบ่งแยกพื้นที่ของตำบลทุ่งหมอบางส่วนเป็นตำบลปาดังเบซาร์

ในปี พ.ศ. 2542 ได้มีพระราชบัญญัติเปลี่ยนแปลงฐานะสุขาภิบาลทั่วประเทศเป็นเทศบาลตำบล และได้ประกาศในราชกิจานุเบกษา เล่มที่ 116 ตอนที่ 9 ก ลงวันที่ 24 กุมภาพันธ์ 2542 มีผลบังคับใช้เมื่อวันอังคารที่ 25 พฤษภาคม 2542 สุขาภิบาลปาดังเบซาร์จึงเปลี่ยนฐานะเป็นเทศบาลตำบลปาดังเบซาร์[4] โดยผลแห่งกฎหมายเช่นเดียวกับสุขาภิบาลทั่วประเทศนับตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา เหตุผลที่ได้ประกาศใช้พระราชบัญญัติฉบับนี้ก็เพื่อให้สอดคล้องกับบทบัญญัติของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2540 ที่มุ่งกระจายอำนาจให้แก่องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นทุกระดับ ในปี พ.ศ. 2547 ได้รับการยกฐานะเป็นเทศบาลเมืองปาดังเบซาร์ เมือวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2547[2]