เมืองเบตงตั้งอยู่ในหุบเขา มีลักษณะเหมือนแอ่งกระทะที่ล้อมรอบด้วยภูเขา โดยมีลำคลองสำคัญไหลผ่านใจกลางเมืองเบตง คือ คลองเบตง ไหลมาจากทางทิศตะวันตกไปทางทิศตะวันออกแล้วไปบรรจบกับแม่น้ำปัตตานี ด้วยลักษณะภูมิประเทศที่เป็นหุบเขาจึงเทำให้พื้นที่รอบ ๆ เมืองเบตงเป็นจุดกำเนิดของแม่น้ำสายสำคัญของจังหวัดยะลาและภาคใต้ คือ แม่น้ำปัตตานี อันเป็นที่ตั้งของเขื่อนบางลาง ซึ่งมีความสำคัญต่อการผลิตกระแสไฟฟ้าให้พื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้และยังแก้ปัญหาน้ำท่วมตัวเมืองยะลา สภาพทางธรรมชาติทำให้เมืองเบตงมีหมอกตลอดปี จึงได้รับสมญานามว่า "เมืองในหมอกและดอกไม้งาม"[8]