การแบ่งประเภทของเนื้อเยื่อบุผิวอาศัยหลัก 3 ประการ

• รูปร่างลักษณะของเซลล์
• จำนวนชั้นของเซลล์
• การเปลี่ยนแปลงของเยื่อหุ้มเซลล์ชั้นบนสุด

รูปร่างลักษณะของเซลล์

• สความัส (Squamous) เซลล์มีรูปร่างแบน ถ้าเซลล์เรียงตัวชั้นเดียวเรียกว่า ซิมเปิล สความัส (Simple squamous) พบที่ถุงลมในปอด เซลล์บุผิวหลอดเลือด ทำหน้าที่เป็นตัวกลางในการแพร่ผ่านของสาร นอกจากนั้นยังพบเซลล์แบบสความัสนี้ในไต และช่องว่างส่วนใหญ่ในลำตัว เซลล์เหล่านี้ไม่ค่อยมีกระบวนการเมตาบอลิซึมมากนัก ทำหน้าที่เกี่ยวข้องกับการแพร่ของน้ำ สารละลาย และสารอื่นๆ
• คิวบอยดัล (Cuboidal) เซลล์มีลักษณะเหลี่ยมคล้ายลูกบาศก์ ความสูงเท่าๆ กับความกว้าง นิวเคลียสมักอยู่บริเวณกลางเซลล์
• คอลัมนาร์ (Columnar) เซลล์มีความสูงมากกว่าความกว้าง เซลล์ที่เรียงตัวชั้นเดียวเรียกว่า ซิมเปิล คอลัมนาร์ (Simple columnar) นิวเคลียสมักอยู่ใกล้กับฐานเซลล์ พบบุผิวที่ลำไส้เล็ก และพบเซลล์ที่ทำหน้าที่เป็นต่อมหลั่งสารเรียกว่า เซลล์กอบเลท (Goblet cell) อยู่กระจายทั่วไปในชั้นของเนื้อเยื่อนี้เพื่อทำหน้าที่หลั่งเมือก ด้านบนของเซลล์อาจพบส่วนที่ยื่นออกมาคล้ายเส้นขนขนาดเล็กเรียกว่า ไมโครวิลไล (Microvilli) ทำหน้าที่ช่วยเพิ่มพื้นที่การดูดซึม
• เนื้อเยื่อบุผิวชนิดแปรเปลี่ยน (Transitional) เป็นเซลล์เนื้อเยื่อบุผิวลักษณะพิเศษพบบุในอวัยวะที่สามารถยืดหดได้ เช่น ยูโรทีเลียม (Urothelium) ที่บุอยู่ในกระเพาะปัสสาวะและท่อปัสสาวะของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม เซลล์ดังกล่าวสามารถเลื่อนไถลซึ่งกันและกันได้ขึ้นกับว่าอวัยวะนั้นกำลังยืดหรือหด ถ้ามีการยืดจะทำให้เห็นเนื้อเยื่อผิวบริเวณนั้นบางลง ในทางกลับกันถ้าเกิดการหดจะเห็นเนื้อเยื่อนี้หนาขึ้น

จำนวนชั้นของเซลล์

• เดี่ยว หรือ ซิมเปิล (Simple) ประกอบด้วยเซลล์เรียงตัวชั้นเดียว
• เป็นชั้นๆ หรือ สแตรทิฟายด์ (Stratified) ประกอบด้วยเซลล์เรียงตัวหลายชั้น มีเซลล์ชั้นล่างสุดชั้นเดียวที่ติดอยู่กับเบซัล ลามินา (basal lamina) การจำแนกประเภทให้อาศัยสังเกตรูปร่างลักษณะเซลล์ที่อยู่ด้านบน เนื้อเยื่อนี้สามารถทนต่อแรงดึงหรือกดได้มากกว่า
• เป็นชั้นๆ เทียม หรือ ซูโดสแตรทิฟายด์ และซีเลีย (Pseudostratified with cilia) มักเป็น ซูโดสแตรทิฟายด์ คอลัมนาร์ (pseudostratified columnar epithelium) ลักษณะเซลล์เรียงตัวเป็นชั้นเดียว แต่ตำแหน่งของนิวเคลียสซ้อนกันจนมองดูเหมือนกับว่าเซลล์มีหลายชั้น การระบุชนิดเซลล์นี้สามารถสังเกตได้ว่ามีซีเลีย (เซลล์ที่เป็นซูโดสแตรทิฟายด์อาจจะมีซีเลีย แต่เซลล์ที่เป็นสแตรทิฟายด์จะไม่มีซีเลีย) เซลล์ที่มีขนจะแข็งแรงกว่าเซลล์ปกติประมาณ 10 เท่า

การเปลี่ยนแปลงของเยื่อหุ้มเซลล์ชั้นบนสุด

• คีราตินไนซด์ (Keratinized) เซลล์จะมีคีราติน (โปรตีนโครงเซลล์ (cytoskeleton)) เซลล์เนื้อเยื่อบุผิวที่เกิดคีราตินไนซด์พบที่ผิวหนัง ปาก และจมูก ช่วยให้ผิวหนังเหนียว สาก และทำให้สารแพร่ผ่านเข้าไม่ได้
• ซีเลียเอต (Ciliated) เยื่อหุ้มเซลล์ที่ด้านบนของเซลล์จะมีส่วนยื่นประกอบด้วยไมโครทิวบูล (microtubule) ที่สามารถเคลื่อนพัดโบกเป็นจังหวะเพื่อพัดพาเมือกและสารอื่นๆ ในท่อ มักจะพบซีเลียได้ในระบบหายใจและเซลล์บุผิวท่อนำไข่ (oviduct)