ผู้จัดการทีมเยาวชน

ชีวิตหลังจากเลิกเป็นนักฟุตบอล ร็อดเจอส์ก็ค้นพบตัวเองและมุ่งเน้นไปทางด้านผู้จัดการทีม โดยตัดสินใจบินไปศึกษาระบบเยาวชนของโคตรทีมแดนกระทิงดุอย่าง สโมสรฟุตบอลบาร์เซโลนา และการได้ไปเรียนรู้งานที่แคว้นกาตาลุญญานั้น ก็ทำให้เขาได้รู้จักกับลูวี ฟัน คาล ซึ่งเป็นกุนซือของบาร์เซโลนาในเวลานั้น และสิ่งที่ร็อดเจอส์สนใจเรียนรู้มากคือระบบโครงสร้างของทีมเยาวชนกับทีมชุดใหญ่ เนื่องจากบาร์เซโลนาขึ้นชื่อลือชาในการปั้นนักเตะระดับดาวรุ่งขึ้นสู่วงการลูกหนังระดับโลกได้ อย่างต่อเนื่อง

อย่างไรก็ตาม ในปี ค.ศ. 2004 สมัยที่ โชเซ มูรีนโย กุนซือชาวโปรตุเกส ตัดสินใจย้ายจากทีมโปร์ตู มาคุมทีมเชลซี ทางด้าน เบรนดัน ร็อดเจอส์ ก็ได้รับโอกาสและทาบทามจากมูรีนโยให้เข้ามารับหน้าที่ดูแลระบบทีมเยาวชนของทีมเชลซีในรุ่นเยาวชนอายุไม่เกิน 18 ปี จนกระทั่งถึงปี 2006 ก็ได้เลื่อนขั้นขึ้นมาเป็นโค้ชทีมสำรอง

สวอนซีซิตี

หลังจากนั้นในปี 2010 ร็อดเจอส์ ก็ตอบตกลงไปเป็นผู้จัดการทีม สวอนซีซิตี และก็ทำผลงานได้ดี พาทีมเลื่อนชั้นขึ้นสู่พรีเมียร์ลีก ได้ในปีแรกที่คุมทีม อีกทั้งฤดูกาลที่ผ่านมา เจ้าตัวก็โชว์กึ๋นในการเป็นยอดกุนซือ โดยพาต้นสังกัด 'หงส์ขาว' สวอนซีซิตี จบอันดับ 11 ในตารางลีกสูงสุดของแดนผู้ดี ได้อย่างสง่าผ่าเผย แม้จะเพิ่งขึ้นชั้นมาเล่นได้เพียงปีเดียว รวมทั้งยังทำสถิติที่น่าสนใจคือเป็นทีมที่ ผ่านบอลสำเร็จเป็นอันดับ 1 ของพรีเมียร์ลีก โดยคิดเป็นเปอร์เซ็นสูงถึง 83.1% เลยทีเดียว

ลิเวอร์พูล

ในวันที่ 1 มิถุนายน ค.ศ. 2012 ร็อดเจอส์เซ็นสัญญากับสโมสรฟุตบอลลิเวอร์พูล ในฐานะผู้จัดการทีมเป็นระยะเวลา 3 ปี โดยมาแทนที่การถูกปลดของ เคนนี ดัลกลิช อดีตตำนานของลิเวอร์พูลที่ทำได้แค่คว้าแชมป์ลีกคัพและจบอันดับ 8 ในพรีเมียร์ลีก ฤดูกาล 2011–12 โดยเกมแรกของร็อดเจอส์คือฟุตบอลอุ่นเครื่องกับ สโมสรฟุตบอลโทรอนโต ในอเมริกา ต่อมา ร็อดเจอส์ คุมทีมลิเวอร์พูลนัดแรกใน พรีเมียร์ลีก ฤดูกาล 2012–13 ในนัดที่พ่าย เวสต์บรอมมิชอัลเบียน 0-3 โดย 5 นัดแรกในพรีเมียร์ลีก ลิเวอร์พูล เสมอ 2 แพ้ 3 ไม่ชนะใครเลย แต่ในนัดที่ 6 ร็อดเจอส์ ชนะนัดแรกในการคุมทีมลิเวอร์พูล ในพรีเมียร์ลีก โดยชนะ นอริชซิตี 5-2 พร้อมกับแฮตทริก ของ หลุยส์ ซัวเรซ อีกด้วย[5] ต่อมา ในวันที่ 31 ตุลาคม ค.ศ. 2012 ร็อดเจอส์ ได้คุมทีมกลับมาเจอทีมเก่า สวอนซีซิตี ที่แอนฟีลด์ ในลีกคัพ รอบที่ 4 แต่สุดท้าย ลิเวอร์พูล ก็พ่ายแพ้ไป 1-3 ต่อมา ในวันที่ 6 ธันวาคม ค.ศ. 2012 ร็อดเจอส์ ได้พา ลิเวอร์พูล เข้ารอบ 32 ทีมสุดท้าย ในยูฟ่ายูโรปาลีก หลังจากพาทีมเอาชนะ อูดิเนเซ 1-0

ในฤดูกาล 2013–2014 ร็อดเจอร์ส ได้คว้ารางวัลผู้จัดการทีมยอดเยี่ยมประจำเดือนสิงหาคมของพรีเมียร์ลีก หลังจากพาทีมชนะ 3 นัดแรกของฤดูกาล (ชนะ สโตกซิตี 1-0, ชนะ แอสตันวิลลา 1-0 และชนะ แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด 1-0) หลังจากนั้น ร็อดเจอร์ส พาทีมลิเวอร์พูลทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยม ทำให้ลิเวอร์พูลมีลุ้นแชมป์พรีเมียร์ลีกเป็นครั้งแรกในรอบ 24 ปี

ช่วงเริ่มต้นในฤดูกาล 2015–2016 ร็อดเจอร์สทำผลงานได้ไม่ดีเท่าที่ควรจากการเล่นในลีก 8 นัด โดยชนะ 3 นัด เสมอ 2 นัดและแพ้ 2 นัด รวมถึงในยูโรปาลีกโดยเล่น 2 นัด ทำได้เพียงเสมอทั้ง 2 นัด โดยหลังจากการแข่งในลีกในศึกเมอร์ซี่ไซด์ดาร์บี้แมตช์กับเอฟเวอร์ตันซึ่งมีขึ้นในวันที่ 4 ตุลาคม ค.ศ. 2015 มีผลการแข่งขันที่เสมอ 1-1 เมื่อการแข่งขันจบลงเพียง 1 ชั่วโมง จอห์น ดับเบิ้ลยู เฮนรี่ เจ้าของทีมลิเวอร์พูลกับ ทอม เวอร์เนอร์ ประธานสโมสร แถลงการณ์ในเชิงขอบคุณร็อดเจอร์สที่ทำผลงานอย่างเต็มที่ให้กับสโมสร และได้ประกาศยกเลิกสัญญากับร็อดเจอร์สอย่างเป็นทางการ[2] ทั้งที่เมื่อพิจารณาจากสถิติแล้ว ร็อดเจอร์สนำพาสโมสรคว้าชัยชนะในลีกเฉลี่ยร้อยละ 51.6 นับว่าสูงเป็นอันดับสองของผู้จัดการลิเวอร์พูลในยุคพรีเมียร์ลีก เป็นรองเพียงแค่ ราฟาเอล เบนิเตซ ที่ทำได้ร้อยละ 55.3 เท่านั้น แต่ทว่าเรื่องที่เขาโดนวิพากษ์วิจารณ์มากที่สุด คือ การบริหารจัดการทีมโดยยอมปล่อยตัวผู้เล่นคนสำคัญหลายคนออกจากทีม และซื้อตัวผู้เล่นใหม่เข้ามาหลายคน แต่กลับไม่ประสบความสำเร็จ อีกทั้งในบางครั้งในการจัดตัวผู้เล่นยังจัดให้เล่นในตำแหน่งที่ไม่ใช่ตำแหน่งที่ผู้เล่นผู้นั้นถนัดด้วย[6]