เบลนเดอร์ถูกพัฒนาขึ้นเพื่อใช้ภายในสตูดิโอแอนิเมชัน NeoGeo และ Not a Number Technologies (NaN) ในประเทศฮอลแลนด์ โดย Ton Roosendaal ซึ่งเคยเขียนโปรแกรมจำลองภาพโดยการคำนวณทิศทางแสงบนเครื่อง Amiga ในปี 1989 โดยชื่อ"เบลนเดอร์"ได้รับแรงบันดาลใจมาจากเพลงของ Yellow จาก album Baby

Roosendaal ก่อตั้ง NaN ขึ้นเมื่อเดือนมิถุนายนปีพ.ศ. 2541 ขึ้นเพื่อพัฒนาและเผยแพร่โปรแกรมเบลนเดอร์ โดยในระยะแรกเบลนเดอร์เป็นแชร์แวร์จนกระทั่ง NaN เลิกกิจการในปีพ.ศ. 2545

กลุ่มผู้ถือหุ้นตกลงจะขายสิทธิ์ในการจัดการสัญญาอนุญาต Blender ให้เป็นแบบ GPL ในราคา €100,000 ในขณะนั้น (พ.ศ. 2545) และหลังจากที่ Roosendall ได้เริ่มระดมทุนจากการรับบริจาคระยะหนึ่ง ก็ได้ประกาศว่าวันที่ 7 เดือนพฤศจิกายนพ.ศ. 2545 ว่าได้รับเงินบริจาคเพียงพอ และเบลนเดอร์ก็กลายเป็นซอฟต์แวร์เสรีและได้รับการพัฒนาต่อมาจนถึงปัจจุบันภายใต้การดูแลของ Blender Foundation

ในระยะแรก Blender Foundation ได้สงวนสิทธิ์ที่จะใช้ dual license (การใช้สัญญาอนุญาตแบบคู่ขนานคืออาจทำสัญญากับบางนิติบุคคลด้วยสัญญาที่ไม่ถูกบังคับโดยข้อกำหนดของ GPL) แต่ทางเลือกนี้ไม่ได้ถูกใช้กระทั่งยกเลิกไปในปีพ.ศ. 2548 ปัจจุบัน Blender จึงอยู่ใต้สัญญาแบบ GPL เท่านั้น