สำหรับการวิจัยเพกทินทางด้านเทคโนโลยีเภสัชกรรม (ดูรายละเอียดในเอกสารอ้างอิง[1]) สามารถใช้เพกทินในรูปแบบยาน้ำโดยใช้เพกทินผสมกับเกลือแคลเซียมรูปเชิงซ้อนซึ่งสามารถเกิดเป็นเจลของเพกทินกับเกลือแคลเซียมเมื่อตำรับยาอยู่ในทางเดินอาหาร (in-situ gelation) เพกทินสามารถใช้เป็นสารที่ทำให้อนุภาคจับกลุ่มกันอย่างหลวมๆ หรือเป็นสารช่วยแขวนตะกอนในตำรับยาน้ำแขวนตะกอนและเป็นสารก่ออิมัลชันโดยป้องกันการจับกลุ่มกันของวัฏภาคภายในของอิมัลชันได้ ส่วนการประยุกต์ใช้เพกทินในรูปแบบยาของแข็งอาจเตรียมเป็นรูปแบบที่ออกฤทธิ์ทันทีหรือออกฤทธิ์นาน การวิจัยและพัฒนารูปแบบยาที่ออกฤทธิ์ได้ทันทีโดยการใช้เพกทินเป็นสารเพิ่มปริมาณ สารช่วยแตกตัว สารยึดเกาะในเม็ดยา หรือสารก่อเพลเลต ส่วนในรูปแบบยาชนิดออกฤทธิ์นานสามารถใช้เพกทินเป็นสารก่อเมทริกซ์เพื่อควบคุมการปลดปล่อยให้ช้าลง หรือโดยการเตรียมเป็นเจลบีดโดยอาศัยการเกิดพันธะระหว่างเพกทินกับเกลือแคลเซียม หรือการเตรียมอนุภาคขนาดไมโครเมตรโดยใช้เพกทินร่วมกับพอลิเมอร์อื่นโดยวิธีการพ่นแห้งหรือวิธีโคแอเซอร์เวชันเชิงซ้อน การเตรียมเพลเลตเคลือบฟิล์มเพกทินโดยใช้เทคนิคการเกิดปฏิกิริยาเคมีที่ผิวของเพลเลตช่วยให้ได้ชั้นเคลือบที่มีความหนาสม่ำเสมอและมีสมบัติเชิงกลที่ดีขึ้น รวมถึงสามารถชะลอการปลดปล่อยตัวยาได้ดี สามารถประยุกต์ใช้ได้กับตัวยาที่มีขีดการละลายแตกต่างกันได้

เพกทินสามารถใช้ในระบบนำส่งยาชนิดติดอยู่ในกระเพาะอาหารเพื่อให้ระบบนำส่งยาลอยตัวได้ในกระเพาะอาหาร ระบบนำส่งนี้สามารถใช้ในกรณียาที่มีช่วงการดูดซึมในทางเดินอาหารแคบ ยาที่มีปัญหาเรื่องความคงตัวในลำไส้เล็ก หรือใช้เพื่อต้องการให้ยาออกฤทธิ์เฉพาะที่ในกระเพาะอาหาร เช่น กรณีต้องการกำจัดเชื้อ Helicobacter pylori ส่วนการนำส่งยาไปสู่ลำไส้ใหญ่สามารถใช้ได้ในกรณีที่ยาไม่คงตัวหรือไม่ถูกดูดซึมในทางเดินอาหารส่วนต้น ยาที่ใช้ในการรักษาพยาธิสภาพในลำไส้ใหญ่ หรือยาที่ต้องการให้ดูดซึมหรือออกฤทธิ์ช้า ระบบนำส่งยาสู่ลำไส้ใหญ่ต้องไม่ปลดปล่อยตัวยาออกมาในกระเพาะอาหารและลำไส้เล็ก และยอมให้ตัวยาปลดปล่อยออกมาเมื่อระบบนำส่งยาไปถึงบริเวณลำไส้ใหญ่ ซึ่งมีการนำเพกทินมาใช้ในการวิจัยและพัฒนาระบบนำส่งยาสู่ลำไส้ใหญ่ในรูปยาเม็ดเมทริกซ์ เจลบีด ยาเม็ดชนิดตอกเคลือบและยาเม็ดเคลือบฟิล์ม รวมถึงการใช้เพกทินเพื่อเตรียมเป็นบรรพเภสัชโดยต่อเชื่อมกับตัวยาเพื่อนำส่งยาไปสู่ลำไส้ใหญ่

ระบบนำส่งยาชนิดยึดติดเยื่อเมือกในทางเดินอาหารได้รับการพัฒนาเพื่อให้ยาอยู่ในทางเดินอาหารยาวขึ้นเพื่อเพิ่มความเข้มข้นของยาในบริเวณเฉพาะที่หรือเพิ่มการดูดซึมยาเข้าสู่กระแสเลือด โดยเพิ่มระยะเวลาการสัมผัสของระบบนำส่งยากับเนื้อเยื่อในทางเดินอาหารซึ่งต้องอาศัยสารที่มีสมบัติยึดติดเยื่อเมือก โดยเพกทินได้รับการวิจัยยืนยันว่ามีสมบัติการยึดติดเยื่อเมือกที่ดี มีการใช้เพกทินในระบบนำส่งยาชนิดยึดติดในช่องปากโดยทำในรูปยาเม็ดหรือแผ่นแปะหรือยึดติดในทางเดินอาหารเพื่อเพิ่มระดับยาในกระแสเลือด การศึกษาสมบัติการยึดติดเยื่อเมือกแบบภายนอกร่างกายพบว่าเพกทินมีสมบัติยึดติดเยื่อเมือกในลำไส้ใหญ่ได้ดีที่สุด ส่วนการยึดติดในกระพุ้งแก้มจะมีค่ามากเมื่อเพกทินอยู่ในสภาวะแห้ง รูปแบบยาที่เป็นสารประกอบเชิงซ้อนของเพกทินและลิโพโซมสามารถยึดติดเยื่อเมือกในลำไส้เล็กของหนูทดลองได้ดีที่สุด การศึกษาทางเภสัชวิทยาพบว่าระดับแคลเซียมในกระแสเลือดลดลงเมื่อให้สารประกอบเชิงซ้อนที่มียาแคลซิโทนินในหนูเมื่อเปรียบเทียบกับการให้แคลซิโทนินในรูปสารละลาย การเลือกชนิดของเพกทินที่เหมาะสมอาจช่วยให้รูปแบบยาสามารถยึดติดเยื่อเมือกในบริเวณที่ต้องการให้มีการดูดซึมยาได้