ความสำคัญของสายแร่เพกมาไทต์ คือ การที่มีธาตุอื่น ๆ ซึ่งมีธาตุรองอยู่เป็นจำนวนมากที่ยังคงหลงเหลือในสารละลายร้อนและจะมีโอกาสตกผลึกในสายแร่เพกมาไทต์นี้ ซึ่งแร่สำคัญเหล่านี้ได้แก่ เลพิโดไลท์ ทัวร์มาลีน เบริล สปอดโดมีน, แอมบลิโกไนท์ (Ambligonite), โทแพซ อะพาไทต์ และฟลูออไรต์ กลุ่มแร่หายากที่สามารถเกิดได้ในสายแร่เพกมาไทต์ ได้แก่ โคลัมไบต์ แทนทาไลท์ โมนาไซต์ โมลิบดีไนท์ และแร่ที่มีธาตุยูเรเนียม ประกอบอยู่ ซึ่งบางครั้งแร่หาหยากเหล่านี้บางครั้งมีขนาดผลึกใหญ่มากทำให้เป็นแร่เศรษฐกิจที่ดี