เพชฌฆาตไซบอร์ก เป็นการ์ตูนแนวไซไฟที่มีเนื้อหาเกี่ยวกับการออกค้นหาความหมายของชีวิตของตัวละครเอก คือ กัลลี่ (Gally) ซึ่งเป็นไซบอร์กที่ถูกเก็บมาจากกองขยะใต้นครลอยฟ้า "ซาเลม" โดยหมอ "อิโดะ (Ido) " ซึ่งเป็นชาวซาเลมที่ถูกคัดออกจากการเป็นพลเมืองซาเลมเป็นผู้ซ่อมร่างของกัลลี่ให้ เธอฟื้นขึ้นมาแต่ว่าความทรงจำในอดีตได้หายไป สิ่งที่พอเหลืออยู่บ้าง คือ ทักษะการต่อสู้แบบ "พันเซอร์ คุนซ์" อันเป็นวิชาการต่อสู้รูปแบบเฉพาะของดาวอังคารที่หายสาบสูญไป

การผจญภัยของเพื่อตามหาความหมายและเยียวยาความเจ็บปวดของชีวิต คือสิ่งที่เป็นตัวดำเนินเรื่อง เพชฌฆาตไซบอร์กทั้ง 9 เล่มได้ทำให้เราเห็นพัฒนาของตัวละคร จากการเป็นเด็กน้อยผู้สูญเสียความทรงจำ กลายเป็น ฮันเตอร์ วอร์ริเออร์ (ทำหน้าที่เหมือนตำรวจหรือนักล่าค่าหัว)

กัลลี่ได้สมัครเป็นฮันเตอร์วอริเออร์ และได้เผชิญหน้ากับมาคาคุ กัลลี่ชนะ แต่มาคาคุหนีไปได้ และร่างกัลลี่เสียหายหนัก อิโดะได้ให้ร่างเบอเซอเกอร์กับกัลลี่ กัลลี่ได้พบกับซาปันและทำให้ซาปันขายหน้า มาคาคุกลับมาล้างแค้น โดยลักพาตัวคิโยโกะลงไปในระบบท่อระบายน้ำใต้เมืองเศษเหล็ก ระหว่างการต่อสู้กับมาคาคุ กัลลี่ได้ค้นพบว่าร่างเบอร์เซอร์เกอร์สามารถสร้างพลาสมาได้ ดิสตี้โนวาเริ่มเข้ามามีบทบาทเป็นครั้งแรก มาคาคุได้เล่าว่าดิสตี้โนวาเป็นคนให้ร่างไซบอร์กกับเค้า มาคาคุแพ้กัลลี่ และถูกจับตาย กัลลี่ได้พบกับยูโก เด็กหนุ่มผู้ใฝ่ฝันที่จะขึ้นไปบนซาเลม ยูโกทำงานผิดกฎหมาย ลักขโมยสันหลังให้กับเวกเตอร์ ซาปันล่วงรู้ และวางแผนฆ่ายูโกเผื่อแก้แค้นกัลลี่ กัลลี่ฟันซาปันตกตึกสูง และหายสาบสูญ กัลลี่เองก็หนีหายตัวไปด้วย

อิโดตามหากัลลี่ ระหว่างตามหา ได้พบกับซิมิล่า น้องสาวของจาชูกัน แชมเปี้ยนมอเตอร์บอล (ลักษณะคล้ายการแข่งรถสูตร 1) อิโดจึงพบว่ากัลลี่ก็เป็นผู้เล่นมอเตอร์บอลด้วย กัลลี่ได้ร่างเผื่อเล่นมอเตอร์บอลจากทีม ร่างนี้มีดาบติดศอก ซึ่งเป็นอาวุธของผู้ฝึกแพนเซอร์คุนซ์ ดาบนั้นทำจากเหล็กดามัสกัส กัลลี่เก็บร่างเบอร์เซอร์ไว้ในโกดัง กัลลี่ชนะมอเตอร์บอลหลายครั้งจนได้เลื่อนจาก ลีกสาม เป็นลีกหนึ่ง และกำลังจะได้แข่งกับจาชูกัน

อิโดค้นพบว่าดิสตี้โนวาเป็นชาวซาเลมซึ่งถูกขับไล่ลงมายังเมืองเศษเหล็กเช่นเดียวกับตัวเอง นอกจากนั้นดิสตี้โนวาได้ดัดแปลงสมองให้จาชูกัน แต่สมองมีปัญหาและกำลังจะตาย อิโดได้ช่วยให้จาชูกันสามารถแข่งครั้งสุดท้ายกับกัลลี่ได้จนชนะ ก่อนที่จาชูกันจะตายในสนามแข่ง ซาปันเห็นกัลลี่ออกทีวีในการแข่งมอเตอร์บอล จึงเกิดอาการบ้าและได้ฆ่าคนรัก ซาร่า โดยไม่ได้ตั้งใจ ซาปันโทษกัลลี่ที่ทำให้ซาร่าตาย และออกตามล่ากัลลี่เพื่อล้างแค้น สองปีต่อมาซาปันพบกัลลี่ และถูกกัลลี่ฆ่าอีกครั้ง

ดิสตี้โนวาได้ร่างเบอร์เซอร์เกอร์ไป อิโดพยายามติดต่อขอร่างเบอร์เซอร์เกอร์คืน แต่ดิสตี้โนวากลับเอาสมองของซาปันมาใส่ร่างเบอร์เซอร์เกอร์ ซาปันจึงฆ่าอิโดและโนวา และตามมาล้างแค้นกัลลี่ ดิสตี้โนวาสามารถคืนชีพได้เพราะนาโนแมชชีน รีสตอเรอร์ และได้มอบกระสุนนาโนแมชชีนให้กับกัลลี่เพื่อทำลายร่างเบอร์เซอร์เกอร์ และสํญญาจะชุบชีวิตให้กับอิโด ซึ่งกัลลี่ก็สามารถฆ่าซาปันได้เป็นครั้งสุดท้าย และร่างเบอร์เซอร์เกอร์ก็ถูกทำลาย

กัลลี่ได้กลายเป็น ทูนด (TUNED) ซึ่งทำหน้าที่เป็นสายลับของซาเลม เพื่อดำเนินการจับกุม ศจ.ดีสตีส โนวา นักวิทยาศาสตร์ผู้บ้าคลั่ง ระหว่างตามหาโนวา กัลลี่ได้รับมอบหมายให้คุมครองรถไฟเสบียง และได้พบรักกับโฟเกีย ซึ่งเข้าร่วมเป็นทหารรับจ้างของทูนด รถไฟเสบียงถูกกองโจรบาร์แจ็คโจมตี กัลลี่และโฟเกียถูกจับแต่หนีออกมาได้ท่ามกลางทะเลทราย โฟเกียแบกกัลลี่เดินกลางทะเลทรายจนเกือบตายทั้งคู่ แต่เกิดมีฝนมหัศจรรย์ตกลงมา และทูนดก็เข้าช่วยเหลือ กัลลี่ได้แยกจากฟอร์เกียที่หมู่บ้านชาวประมง และปฏิบัติการณ์ตามหาโนวาต่อ ทูนดสร้างหุ่นเลียนแบบกัลลขึ้นมา 12 ตัว และส่งหุ่นตัวที่สองมาทดสอบต่อสู้กับกัลลี่ กัลลี่ชนะด้วยความช่วยเหลือจากลู โอเปอร์เรเตอร์คนใหม่ของทูนด กัลลี่ได้พบกับโคโยมิ และเกิดตกลงไปในถ้ำใต้ดินด้วยกัน กัลลี่เสียหายหนักต้องเข้าภาวะจำศีล กัลลี่ได้รับความช่วยเหลือจากเคออส ผู้มีพลังไซโคมิตรี้ เคออสหลงรักกัลลี่ ได้จับกัลลี่แต่งชุดเจ้าสาว และช่วยพากัลลี่ไปพบโนวา เคออสเปิดเผยว่าโนวาเป็นพ่อของเค้า ระหว่างทางได้เผชิญหน้ากับกองโจรบาร์แจ็ค และเด็นหัวหน้ากองโจร กัลลี่ต่อสู้กับเด็น แต่โคโยมิกลับปกป้องเด็น กัลลี่จึงไว้ชีวิตเด็น

เคออสพากัลลี่ไปพบอิโด ซึ่งโนวาได้ชุบชีวิตให้ตามสัญญา เคออสทิ้งกัลลี่ไว้กับอิโด เพื่อไปพบโนวาแต่เพียงคนเดียว กัลลี่ได้พบว่าอิโดได้ลบความทรงจำของตัวเองในช่วงหลายปีที่ผ่านมา ทำให้เค้าจำกัลลี่ไม่ได้ กัลลี่จึงเดินทางตามเคออสไปพบกับโนวา ในระหว่างนั้นกองโจรบาแจ็คและเด็นได้เข้าโจมตีซาเลมอย่างเต็มกำลัง แต่ได้พบกับความพ่ายแพและย่อยยับ โนวาทำลายกัลลี่ได้สำเร็จ และได้ให้ร่างใหม่กัลลี่บนซาเรม เมลคิเซเดค คอมพิวเตอร์สมองของซาเลม จะทำลายซาเลม โดยปล่อยให้ซาเรมตกใส่เมืองเศษเหล็ก โนวาได้ให้นาโนแมชชีนกับกัลลี่ ซึ่งสามารถเปลี่ยนซาเรมให้กลายเป็นต้นไม้แห่งชีวิตและไม่ตกลงมา ยังผลให้ร่างไซบอร์กของกัลลี่กลายเป็นมนุษย์เต็มที่ กัลลี่ได้พบกับโฟเกียและได้ใช้ชีวิตอยู่อย่างมนุษย์และมีความสุขตลอดไป