เมกาวาตีเกิดเมื่อวันที่ 23 มกราคม พ.ศ. 2490 ที่ยกยาการ์ตาในภาคกลางของเกาะชวา หลังจากที่ซูการ์โนประกาศเอกราชของอินโดนีเซียได้ไม่ถึงสองปี มารดาของเมกาวาตีคือ ฟัตมาวาตี ซึ่งเป็นภรรยาคนหนึ่งในบรรดาเก้าคนของซูการ์โน เมกาวาตีเป็นลูกสาวคนแรกของซูการ์โน โดยมีพี่ชายหนึ่งคน ชื่อว่ากุนตูร์ เมกาวาตีเติบโตขึ้นมาในวังเอกราช ซึ่งเป็นทำเนียบประธานาธิบดีในสมัยนั้น เมื่อซูการ์โนถูกโค่นลงจากอำนาจ เมกาวาตีมีอายุเพียง 19 ปีเท่านั้น ซึ่งหลังจากซูการ์โนลงจากอำนาจแล้ว รัฐบาลใหม่ไม่อนุญาตให้คนในครอบครัวของซูการ์โนเข้ามายุ่งเกี่ยวกับการเมืองอีก

เมกาวาตีเข้าศึกษาในมหาวิทยาลัยปาจาจารันในบันดุงทางด้านเกษตรกรรม แต่แต่ก็ลาออกในปีในปีที่บิดาถูกโค่นลงจากอำนาจ ในปี พ.ศ. 2513 ซึ่งเป็นปีที่ซูการ์โนเสียชีวิต เมกาวาตีได้เข้าศึกษาต่อที่มหาวิทยาลัยอินโดนีเซียทางด้านจิตวิทยา แต่ก็ลาออกหลังจากเข้าเรียนได้เพียงสองปี[3]