เมทรอยด์ไพรม์พินบอลใช้กลไกพื้นฐานของพินบอล พร้อมด้วยไอเทมพินบอลทั่วไปที่หลากหลาย เช่น ครีบ, สปินเนอร์, กันชน และทางลาด[1] นอกจากนี้ ยังมีการแนะนำกลไกใหม่ ๆ เช่น ศัตรูที่เดินไปรอบ ๆ โต๊ะ, การกระโดดกำแพง และความสามารถในการยิงอาวุธ[2] ส่วนจอสัมผัสของนินเท็นโด ดีเอส สามารถใช้เพื่อดันโต๊ะพินบอลและเปลี่ยนวิถีของลูกบอลได้[3] เกมดังกล่าวประกอบด้วยโต๊ะพินบอลหกโต๊ะ โดยแต่ละโต๊ะได้รับแรงบันดาลใจจากแอเรียต่าง ๆ ของเกมเมทรอยด์ไพรม์ แต่ละโต๊ะจะแสดงบนทั้งสองหน้าจอของนินเท็นโด ดีเอส[4] ซึ่งในตอนแรกมีให้เล่นเพียงสองโต๊ะเท่านั้น ได้แก่: ไพเรตฟริเกต และแทลลอนโอเวอร์เวิลด์ ทั้งนี้ หลังจากเล่นหนึ่งในสองโต๊ะแรก ผู้เล่นจะปลดล็อกอีกสองโต๊ะ ได้แก่: เฟนดรานาดริฟส์ และฟาซอนไมส์[5] โดยในทั้งสองโต๊ะ ผู้เล่นจะต้องต่อสู้กับบอสเพื่อทำให้สำเร็จ[6]