หลังจากคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข (คปค.) ได้ยึดอำนาจ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตรแล้ว รูปแบบรายการก็ยังคงดำเนินการวิจารณ์ถึงการทุจริตของรัฐบาลชุดที่แล้ว รวมทั้ง ผู้ดำเนินรายการยังเดินสายไปยังต่างประเทศ เพื่อชี้แจงถึงสาเหตุการปฏิรูป รวมทั้งเปิดเผยถึงความมิชอบในการบริหารราชการแผ่นดินของรัฐบาลชุดที่แล้ว ให้ต่างประเทศรับทราบ รวมทั้งนอกจากจะมี นายสนธิ ลิ้มทองกุล และน.ส.สโรชา พรอุดมศักดิ์ ดำเนินรายการแล้ว ยังมีผู้ดำเนินรายการรับเชิญ อาทิ ดร.เสรี วงศ์มณฑา ดร.เจิมศักดิ์ ปิ่นทอง นายการุณ ไสงาม เป็นต้น โดยในระหว่างมีการประกาศใช้กฎอัยการศึก ผู้ดำเนินรายการได้ยกเลิกการจัดรายการในลักษณะการชุมนุมไว้ชั่วคราว แต่จะจัดในห้องส่งของสถานีแทน

ในเดือนมกราคมปี พ.ศ. 2550 สนธิ ลิ้มทองกุลและทีมงาน ได้เปลี่ยนชื่อรายการเมืองไทยรายสัปดาห์ไปเป็น รายการ ยามเฝ้าแผ่นดิน โดยออกอากาศทุกวันจันทร์ถึงศุกร์ ทางสถานีวิทยุผู้จัดการและโทรทัศน์ ASTV และในเดือนกุมภาพันธ์ ปีเดียวกัน ได้มีการต่อสัญญาณไปออกอากาศทางสถานีวิทยุโทรทัศน์แห่งประเทศไทย กรมประชาสัมพันธ์ แต่ออกอากาศได้เพียง 2 สัปดาห์ (14-27 กุมภาพันธ์) เท่านั้น กลุ่มผู้สนับสนุน พ.ต.ท. ทักษิณ ชินวัตรได้เรียกร้องให้ถอดรายการนี้ออก เนื่องจากหาว่าไม่เป็นกลางและใส่ร้าย พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร สร้างความอึดอัดใจให้แก่ พล.อ.สุรยุทธ์ จุลานนท์ นายกรัฐมนตรี ซึ่งนายสนธิก็ได้เป็นฝ่ายถอนรายการออกไปเอง โดยภายหลังนายสนธิกล่าวว่า พล.อ.สุรยุทธ์ จุลานนท์ ได้โทรศัพท์มาบอกให้ตนถอดรายการนี้ออกไป

ต่อมา รายการยามเฝ้าแผ่นดิน ยังคงออกอากาศในเวลาเดิม ทุกวันจันทร์-ศุกร์ โดยนายสนธิจะเป็นผู้ดำเนินรายการเองเฉพาะวันศุกร์ ด้วยเหตุผลเรื่องสุขภาพ ส่วนวันอื่น ๆ ให้ผู้อื่นดำเนินรายการแทน เช่น นายคำนูณ สิทธิสมาน นายปานเทพ พัวพงษ์พันธ์ น.ส.สโรชา พรอุดมศักดิ์ เป็นต้น