กะลาสีเรือชาวอาหรับเคยเรียกเกาะนี้ว่า "Adna Al Maghribain" (เกาะตะวันตก) ชาวโปรตุเกสเป็นชาวยุโรปพวกแรกที่เจอเกาะแห่งนี้ โดยไม่มีผู้อาศัยอยู่ในปี พ.ศ. 2056 และตั้งชื่อว่า "Santa Apollonia" ตามชื่อนักบุญอะพอลโลเนีย

เมื่อเกาะแห่งนี้ได้ถูกฝรั่งเศสยึดครอง ได้ควบคุมและบริหารจากพอร์ตลูอิส ประเทศมอริเชียส แม้ว่าธงชาติฝรั่งเศสได้ถูกชักขึ้นโดยฟรองซัวส์ โกชตั้งแต่ปี พ.ศ. 2181 แล้ว แต่ซานตาอาปอลโลเนียได้ถูกอ้างสิทธิ์เป็นของประเทศฝรั่งเศสอย่างเป็นทางการก็เมื่อปี พ.ศ. 2185 ตอนที่เขาเนรเทศนักโทษฝรั่งเศส 12 คนที่เกาะแห่งนี้จากประเทศมาดากัสการ์ ผู้ต้องหาที่ต้องโทษได้กลับไปยังประเทศฝรั่งเศสหลายปีถัดมา และในปี พ.ศ. 2192 เกาะแห่งนี้ได้ถูกตั้งชื่อว่า "เกาะบูร์บง" (Île Bourbon) ตามชื่อราชวงศ์บูร์บงที่ปกครองประเทศฝรั่งเศสในขณะนั้น

"เรอูนียง" กลายเป็นชื่อของเกาะในปี พ.ศ. 2336 โดยคำพิพากษาของสมัชชาแห่งชาติเมื่อราชวงศ์บูร์บงล่มสลายลง และการตั้งชื่อนี้เพื่อเป็นที่ระลึกถึงสหภาพแห่งการปฏิวัติจากมาร์เซย์และผู้พิทักษ์แห่งชาติในกรุงปารีส ซึ่งเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ. 2335 ต่อมาในปี พ.ศ. 2344 เกาะแห่งนี้ก็ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "เกาะโบนาปาร์ต" (Île Bonaparte) ตามชื่อนโปเลียน โบนาปาร์ต อย่างไรก็ตามในปี พ.ศ. 2353 เกาะแห่งนี้ก็ได้ถูกยึดครองโดยกองทัพเรืออังกฤษ นำโดยพลเรือเอกโจเซียส โรว์ลีย์ และใช้ชื่อเกาะบูร์บงตามเดิม ต่อมาเมื่อกลับมาเป็นของประเทศฝรั่งเศส หลังจากการประชุมที่เวียนนาในปี พ.ศ. 2358 ถึงกระนั้นเกาะแห่งนี้ก็ยังคงใช้ชื่อเกาะบูร์บงต่อมา จนกระทั่งปี พ.ศ. 2391 เมื่อราชวงศ์บูร์บงฟื้นฟูล่มสลายลงในระหว่างการปฏิวัติ ซึ่งชื่อของเกาะก็ได้กลับมาเป็นเรอูนียงเหมือนเดิม

ตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 17 ถึง 19 การอพยพของชาวฝรั่งเศสนั้น ประกอบไปด้วยพวกแอฟริกา จีน มลายู และอินเดีย ซึ่งทำให้เกาะนี้รวมด้วยเชื้อชาติต่าง ๆ มากมาย และจาการเปิดคลองสุเอซในปี พ.ศ. 2412 เกาะนี้ก็ได้เป็นสถานที่หยุดพักของเรือต่าง ๆ ตามทางค้าขายบริษัทอินเดียตะวันออกที่สำคัญแห่งหนึ่ง

เรอูนียงกลายเป็นเขตการปกครองโพ้นทะเลของประเทศฝรั่งเศสตั้งแต่วันที่ 19 มีนาคม พ.ศ. 2489

ระหว่างวันที่ 15 และ 16 มีนาคม พ.ศ. 2495 เมืองซีโล กลางเรอูนียงมีระดับน้ำฝนสูง 1,869.9 ม.ม. (73.6 นิ้ว) ซึ่งเป็นสถิติ (ภายใน 24 ช.ม.) ที่เคยบันทึกไว้บนโลกนี้ เกาะนี้ก็ได้ถูกบันทึกไว้ว่ามีปริมาณน้ำฝนมากที่สุดใน 72 ชั่วโมง โดยมีระดับน้ำ 3,929 ม.ม. (154.7 นิ้ว) ณ หลุมอุกกาบาตคอมเมอร์สัน ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2550ในปี พ.ศ. 2548 ถึง 2549 เรอูนียงได้เกิดการระบาดอย่างหนักจากโรคไข้ปวดข้อออกผื่นชิคุนกุนยา (Chikungunya) ซึ่งแพร่ระบาดจากยุง จากข่าวบีบีซี มีประชาชนประมาณ 255,000 คนบนเกาะเรอูนียงติดเชื้อนี้ในวันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2549 โรคดังกล่าวยังแพร่ระบาดไปยังมาดากัสการ์และประเทศฝรั่งเศสภาคพื้นทวีปยุโรปทางเครื่องบินอีกด้วย โรคระบาดนี้ทำให้มีคนเสียชีวิตกว่า 200 คนบนเกาะเรอูนียง รัฐบาลสาธารณรัฐฝรั่งเศสภายใต้นายกรัฐมนตรีดอมีนิก เดอ วีลแป็ง ส่งความช่วยเหลือผู้ประสบภัยพิบัติกรณีฉุกเฉินเป็นมูลค่า 36 ล้านยูโร (42.8 ล้านดอลลาร์สหรัฐฯ) และส่งทหารประมาณ 500 นาย โดยมีภารกิจกำจัดยุงออกจากเกาะ คำว่า "ชิคุนกุนยา" (Chikungunya) แปลว่า "ที่ที่โค้งงอ" ในภาษามาคอนเด บริเวณแถบชายแดนประเทศแทนซาเนียและโมซัมบิก โรคไข้ปวดข้อออกผื่นชิคุนกุนยา (Chikungunya) สามารถทำให้เกิดการสูญเสียน้ำในร่างกาย เจ็บปวด และไข้ขึ้นสูง ในบางกรณีอาจถึงตายได้ และโรคนี้ยังไม่มียารักษาเลย