เรือธง (อังกฤษ: Flagship) เป็นเรือที่มีผู้บัญชาการกองเรือ ใช้เป็นที่บังคับบัญชากองเรือ ชักธงตามยศของผู้บัญชาการนั้นไว้บนยอดเสาสูงสุดเพื่อให้เรือลำอื่นในกองเดียวกันสังเกตเห็นได้ชัดเจน ซึ่งจะเป็นเรือที่ส่งอาณัติสัญญาณให้เข้าโจมตี[1] กองทัพเรือไทยมีเรือธงได้แก่ เรือหลวงจักรีนฤเบศร[2] เรือหลวงแม่กลอง[3] แม่คำของ "เรือธง" คือ เรือในปัจจุบันคำว่า "เรือธง" ไม่เพียงแต่หมายถึงเรือเท่านั้น แต่ถูกยืมมาใช้กับอุตสาหกรรมต่าง ๆ เช่น วงการค้าปลีก เพื่อสื่อความถึงผลิตภัณฑ์ที่แพงที่สุด หรือที่ดีที่สุดของบริษัทนั้น ๆ อย่างไรก็ตาม การใช้คำดังกล่าวในภาษาไทยเป็นการแปลแบบตรงตัวมาจากคำ "Flagship" ในภาษาอังกฤษ ซึ่งเป็นสำนวนภาษาต่างประเทศที่ไม่มีในภาษาไทยมาตรฐาน การใช้คำในความหมายดังกล่าวจึงอาจทำให้เกิดความสับสนได้โดยง่ายและกลายเป็นอุปสรรคในการสื่อสาร