การจัดกำลังทางเรือของกองทัพเรือไทย เรือเกือบทั้งหมดจะสังกัดกองเรือต่างๆ จำนวน 8 กองเรือ และขึ้นตรงกับกองเรือยุทธการ (กร.) ที่ทำหน้าที่เป็นหน่วยเตรียมกำลัง (ดูแลรักษาซ่อมบำรุงเรือและทำการฝึกกำลังพลประจำเรือให้อยู่ในสภาพพร้อมรบ) โดยเป็นการจัดในลักษณะของการจัดตามประเภทของเรือ (type organization) แต่ในการปฏิบัติภารกิจจริง เรือจากกองเรือต่างๆ จะได้รับการจัดรวมกันตามประเภทของภารกิจ (task organization) ขึ้นตรงกับทัพเรือภาคที่ 1 ถึง 3 (ทรภ.1 ถึง 3) ที่ทำหน้าที่เป็นหน่วยใช้กำลัง ในลักษณะหน่วยเฉพาะกิจ เช่น หมวดเรือลาดตระเวนชายแดน (มชด.) สังกัด ทรภ.1 ที่ประกอบด้วยเรือเร็วโจมตี เรือตรวจการณ์ปืน เรือตรวจการณ์ใกล้ฝั่ง เรือตรวจการณ์ชายฝั่ง หรือเรือจากกองเรือต่างๆ อาจขึ้นตรงกับหน่วยเฉพาะกิจต่างๆ ของกองทัพเรือโดยตรง เช่น หน่วยเรือรักษาความสงบเรียบร้อยตามลำน้ำโขง (นรข.) หรือหมู่เรือรักษาการณ์วังไกลกังวล (มรก.) นอกจากนี้ใน กร. เองยังมีเรือที่ไม่ได้ขึ้นกับกองเรือทั้ง 8 กองเรือ แต่อยู่ในสังกัดของหน่วยบัญชาการสงครามพิเศษทางเรือ (นสร.) จำนวนหนึ่ง คือ เรือตรวจการณ์ชายฝั่งและเรือปฏิบัติการพิเศษ สำหรับสนับสนุนการปฏิบัติงานของกำลังพลนักทำลายใต้น้ำจู่โจม (SEAL) สำหรับเรืออื่นๆ คือ เรือสำรวจและเรือใช้งานเครื่องหมายทางเรือจะอยู่ในสังกัดของกรมอุทกศาสตร์ เรือที่กล่าวถึงนี้จะไม่รวมถึงเรือขนาดเล็กที่ไม่ได้เกี่ยวข้องกับการปฏิบัติการทางเรือโดยตรงอีกจำนวนหนึ่งที่อยู่ในสังกัดของกองสนับสนุน กองเรือยุทธการ (กสน.กร.) ที่เรียกว่า เรือ กร. และที่อยู่ในสังกัดของกองเรือเล็ก กรมการขนส่งทหารเรือ (กรล.ขส.ทร.) ที่เรียกว่า เรือ ขส. เช่น เรือรับรอง เรือบริการ เรือลำเลียง เรือลากจูง และเรือราชพิธี