วันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2555 เวลา 09:45 น. เรือโดยสารคลองแสนแสบเดินทางจากท่าน้ำวัดศรีบุญเรือง ในเขตบางกะปิ จนถึง ท่าสะพานผ่านฟ้าลีลาศ ระหว่างทางไปจุดต่อเรือที่ ท่าประตูน้ำ ได้เกิดเหตุเพลิงไหม้ห้องเครื่องของเรืออย่างรวดเร็ว ทำให้พนักงานขับเรือ นำเรือเข้าเทียบท่าทองหล่อ[4]วันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2559 เมื่อเวลาประมาณ 06.20 น. เกิดเหตุเรือโดยสารระเบิดในคลองแสนแสบ บริเวณท่าเรือวัดเทพลีลา ซอยรามคำแหง 39 แขวงหัวหมาก เขตบางกะปิ โดยบนเรือมีผู้โดยสารราว 70 คน จากเหตุระเบิด ทำให้มีผู้ได้รับบาดเจ็บอย่างน้อย 58 ราย และบาดเจ็บสาหัส 2 ราย ส่วนสาเหตุของเรือโดยสารระเบิดตูมสนั่นทำให้มีผู้บาดเจ็บจำนวนมากนั้น เบื้องต้น คาดว่าเนื่องจากเครื่องยนต์ระเบิด [5] จากเหตุการณ์เรือระเบิดดังกล่าวทำให้ยกเลิกการใช้แก๊ส แก๊สธรรมชาติเหลว (LNG)[6] จึงทำให้ปัจจุบันเรือโดยสารคลองแสนแสบใช้เพียงดีเซลในการขับเคลื่อนเรือ[7]