มีวิธีการตรวจเลือดแฝงในอุจจาระ 4 อย่างซึ่งตรวจดูตัวบ่งชี้เลือดต่าง ๆ กัน เช่น สารภูมิต้านทาน, heme[upper-alpha 2], globin[upper-alpha 1], porphyrin[upper-alpha 11] หรือดูดีเอ็นเอของวัสดุจากเซลล์ เช่นที่ได้จากรอยโรคและเยื่อเมือกลำไส้

• Fecal immunochemical testing (FIT), และ immunochemical fecal occult blood test (iFOBT) - FIT ใช้สารภูมิต้านทานโดยเฉพาะ ๆ เพื่อตรวจจับ globin การตรวจคัดกรองด้วย FIT มีประสิทธิภาพมากกว่าเมื่อเทียบผลทางสุขภาพและค่าใช้จ่ายกับการตรวจด้วย gFOBT (guaiac fecal occult blood test)[47] ตามแนวทางการรักษาของ ACG ปี 2008 "การตรวจอุจจาระประจำปีด้วยสารเคมีภูมิต้านทานเป็นการตรวจจับมะเร็งลำไส้ใหญ่ที่แนะนำ (preferred)"[48][49] FIT สามารถตรวจจับระดับ globin ในอุจจาระที่ 50 นาโนกรัมต่อมิลลิลิตรหรือยิ่งกว่านั้น ซึ่งเป็นค่าสูงสุดเพื่อตรวจคัดกรองมะเร็งลำไส้ใหญ่ตามที่กำหนดโดยองค์การอนามัยโลก

การตรวจด้วย FIT ได้แทนที่การตรวจด้วย gFOBT โดยมากเพื่อคัดกรองมะเร็งลำไส้ใหญ่[50][51] วิธีนี้สามารถปรับใช้ในการตรวจอัตโนมัติที่ตรวจและรายงานผลข้อมูลเป็นตัวเลข ซึ่งอาจเป็นปัจจัยสำคัญในการออกแบบกลยุทธ์คัดกรองโรคที่สามารถใช้ในกลุ่มประชากรขนาดใหญ่[52]จำนวนตัวอย่างอุจจาระที่ส่งเพื่อตรวจโดย FIT อาจมีผลต่อความไวและความจำเพาะของวิธีนี้ โดยสามารถใช้ hs gFOBT เช่น Hemoccult SENSA เป็นทางเลือก ซึ่งอาจมีบทบาทเพื่อเฝ้าสังเกตภาวะทางกระเพาะลำไส้ต่าง ๆ เช่น ลำไส้ใหญ่อักเสบแบบมีแผล[53] อย่างไรก็ดี FIT ก็ยังเป็นวิธีตรวจสอบที่แนะนำอันดับแรกในแนวทางการรักษาล่าสุดต่าง ๆ[48]การตรวจพบเลือดโดยใช้ gFOBT

• Stool guaiac test เพื่อตรวจเลือดแฝงในอุจจาระ (gFOBT) - เป็นการตรวจซึ่งต้องป้ายอุจจาระที่กระดาษดูดซึมอันได้ผ่านปฏิบัติการทางเคมี แล้วก็หยดไฮโดรเจนเพอร์ออกไซด์ที่กระดาษ ถ้ามีร่องรอยของเลือด กระดาษจะเปลี่ยนสีภายใน 1-2 วินาที วิธีนี้ใช้ได้ก็เพราะองค์ประกอบคือ heme[upper-alpha 2] ของเฮโมโกลบินมีปฏิกิริยาคล้ายกับ peroxidase คือสามารถสลายไฮโดรเจนเพอร์ออกไซด์ได้อย่างรวดเร็ว ในบางกรณี เช่น เลือดออกในกระเพาะอาหารหรือลำไส้ด้านบน วิธีนี้อาจไวกว่าวิธีที่ตรวจจับ globin เพราะ globin จะสลายตัวในลำไส้ส่วนบนในอัตราส่วนที่สูงกว่า heme[54] มีการตรวจแบบ gFOBT ที่วางขายซึ่งจัดว่ามีความไวต่ำหรือสูง แต่ที่จัดว่าไวสูงจึงจะเป็นทางเลือกที่ยอมรับได้แทนการตรวจแบบ FIT ซึ่งปัจจุบันเป็นวิธีการตรวจคัดกรองมะเร็งลำไส้ใหญ่ที่แนะนำ การได้ประสิทธิภาพสูงสุดสำหรับ gFOBT จะขึ้นอยู่กับอาหารที่ทานเมื่อเตรียมตัวตรวจด้วย[55]
• Stool DNA screening test เป็นวิธีตรวจที่หาความเปลี่ยนแปลงของดีเอ็นเอที่สัมพันธ์กับมะเร็ง

นักวิชาการปัจจุบันยังสืบหาวิธีการอื่น ๆ เพื่อตรวจจับเลือดแฝง รวมทั้งการใช้ไม้จิ้มวัด transferrin[56]และการสืบหาความผิดปกติของอุจจาระในระดับเซลล์/โมเลกุล[57]