ในช่วงปี ค.ศ. 1260 ถึง ค.ศ. 1263 เลโอนอร์กับเอ็ดเวิร์ดเดินทางไปยังทวีปใหญ่ (ทวีปยุโรป) ในปี ค.ศ. 1264 เมื่อบารอนฝ่ายตรงข้ามของพระเจ้าเฮนรีเข้ายึดอำนาจอังกฤษในช่วงสงครามบารอนครั้งที่สอง ทั้งคู่ได้เดินทางกลับมาอังกฤษพร้อมกับพลธนูจากเคานตีปงตีเยอในฝรั่งเศสของพระมารดาของเลโอนอร์ ลือกันว่าพระนางพยายามจะนำกองทหารจากกัสติยาเข้ามาในอังกฤษ ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1264 หลังความพ่ายแพ้ของฝ่ายกษัตริย์ที่สมรภูมิลูอิส พระเจ้าเฮนรีที่ 3 และเจ้าชายเอ็ดเวิร์ดถูกจับกุมตัว ซิมง เดอ มงต์ฟอร์ ผู้นำกลุ่มบารอนได้สั่งให้เลโอนอร์ย้ายออกจากปราสาทวินด์เซอร์ พระนางถูกกักบริเวณในพระราชวังเวสต์มินสเตอร์ เดอ มงฟอร์ได้เข้ามาควบคุมการบริหารบ้านเมืองและเรียกประชุมสภาครั้งแรกในปี ค.ศ. 1265 ไม่นานเอ็ดเวิร์ดก็หาทางหนีออกมาจากคุกได้และได้บดขยี้กลุ่มกบฏที่สมรภูมิอีฟแชม