เลโอนอร์เป็นเจ้าหญิงแห่งนาวาร์ ทรงเป็นพระธิดาคนเล็กของพระเจ้าชวนที่ 1 แห่งอารากอนกับสมเด็จพระราชินีนาถบลังกาที่ 1 แห่งนาวาร์ และเป็นพระขนิษฐาของพระเจ้าการ์โลสที่ 4 แห่งนาวาร์และสมเด็จพระราชินีนาถบลังกาที่ 2 แห่งนาวาร์ ทรงเสด็จพระราชสมภพเมื่อวันที่ 2 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1426 ในโอลิเตซึ่งปัจจุบันอยู่ในประเทศสเปน

เมื่อโตเป็นสาว เลโอนอร์ได้สมรสกับแกสต็องที่ 4 เคานต์แห่งฟัวซ์ชาวฝรั่งเศสในปี ค.ศ. 1441[1] พระมารดาของพระองค์สิ้นพระชนม์ในปีเดียวกันนั้น การ์โลส เจ้าชายแห่งเบียนา พระเชษฐาของพระองค์ได้สืบทอดบัลลังก์นาวาร์ต่อจากพระมารดา ทว่าพระเจ้าชวน พระบิดาของพระองค์ได้ยึดอำนาจเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน ปี ค.ศ. 1442 เลโอนอร์ย้ายไปฝรั่งเศสเพื่อพำนักอยู่ในฟัวซ์ซึ่งเป็นดินแดนในครอบครองของพระสวามี พระองค์ได้ให้กำเนิดบุตรธิดาสิบคน เป็นชายสี่คนและหญิงหกคน ต่อมาในปี ค.ศ. 1455 พระเจ้าชวนได้เพิกถอนสิทธิ์ในการเป็นทายาทแห่งนาวาร์ของการ์โลสและบลังกา พระเชษฐาและพระเชษฐภคินีของเลโอนอร์และแต่งตั้งให้เลโอนอร์เป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินและข้าหลวงแห่งนาวาร์ สร้างความปิติยินดีให้แก่เลโอนอร์เป็นอย่างมาก พระองค์ได้ย้ายมาพำนักอาศัยอยู่ในซังกูเอซา

พระเชษฐาและพระเชษฐภคินีผู้ถูกเพิกถอนสิทธิ์ของเลโอนอร์ก่อกบฏต่อพระบิดาและเรียกร้องให้คืนสิทธิ์การเป็นทายาทโดยชอบธรรมในนาวาร์ให้แก่การ์โลส พระเจ้าชวนปฏิเสธข้อเรียกร้องดังกล่าว หลังพระเชษฐาสิ้นพระชนม์ในปี ค.ศ. 1461 บลังกาขึ้นครองราชย์เป็นผู้ปกครองแห่งนาวาร์เพียงในนาม แต่เลโอนอร์ยังคงสำเร็จราชการแผ่นดินต่อไป ในปี ค.ศ. 1462 พระนางลงนามในสนธิสัญญาโอลิเต ยอมรับพระบิดาเป็นกษัตริย์แห่งนาวาร์และยินยอมให้จองจำบลังกา พระขนิษฐา ภายใต้การดูแลของพระนาง

ปี ค.ศ. 1464 บลังกาสิ้นพระชนม์ภายใต้การดูแลของพระนาง เลโอนอร์ถูกต้องสงสัยว่าเป็นผู้บงการวางยาพิษ พระบิดาได้ทำสนธิสัญญายอมรับว่าพระนางเป็นทายาทในนาวาร์และเป็นผู้สำเร็จราชการ (ข้าหลวง) แห่งนาวาร์ แต่ในปี ค.ศ. 1468 พระบิดาได้ปลดพระนางออกจากการเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน ทว่าในปี ค.ศ. 1471 พระองค์ยินยอมให้พระนางเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินอีกครั้ง ปี ค.ศ. 1472 แกสต็อง พระสวามีของเลโอนอร์ถูกสังหารระหว่างทำสมรภูมิกับศัตรูที่มีอยู่มากมายของภรรยา แต่กระนั้นเลโอนอร์ยังไม่ละทิ้งความหวังที่จะได้สืบทอดตำแหน่งเป็นพระราชินีผู้ปกครองนาวาร์ ความหวังของพระนางเป็นจริงในปี ค.ศ. 1479 เมื่อพระบิดาสิ้นพระชนม์ในวัย 80 พรรษา เลโอนอร์วัย 53 พรรษาถูกประกาศให้เป็นสมเด็จพระราชินีนาถแห่งนาวาร์ ตำแหน่งที่ทรงตั้งตารอมาหลายปี ทว่าหลังราชาภิเษกเพียง 15 วันพระองค์กลับสิ้นพระชนม์อย่างกระทันหัน ราชอาณาจักรของพระองค์ตกเป็นของฟร็องซัว เฟบูสผู้เป็นพระนัดดา