ภัยที่คุกคามเสือปลาที่ร้ายแรงที่สุดคือการทำลายพื้นที่ชุ่มน้ำซึ่งเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของเสือปลา ในเอเชียมีพื้นที่ชุ่มน้ำสำคัญ 700 แห่ง ในจำนวนนี้ กว่า 50 เปอร์เซ็นต์ของพื้นที่ถูกรบกวนและกำลังเสื่อมโทรมลงไปโดยทั้งการแผ้วถางเพื่อทำที่อยู่อาศัยของมนุษย์ การขยายพื้นที่เกษตร และการทำเกษตรเคมีซึ่งทำให้แหล่งน้ำเป็นพิษ การตัดไม้และการจับปลามากเกินไป ในบางพื้นที่ประชาชนนิยมกินเนื้อของเสือปลาด้วย และเสือปลาบางส่วนก็ถูกคนฆ่าเนื่องจากมันไปฆ่าสัตว์เลี้ยงของชาวบ้าน การล่าเพื่อเอาหนังก็เป็นอีกสาเหตุหนึ่งที่ทำให้เสือปลาลดจำนวนลง แม้ว่าหนังเสือปลาจะไม่เป็นที่นิยมในตลาดหนังสัตว์มากนักก็ตาม

หนึ่งในพื้นที่ ๆ มีแรงกดดันมากที่สุดสำหรับเสือปลาคือบริเวณชายฝั่งของรัฐกรณาฏกะทางตะวันตกเฉียงใต้ของอินเดีย และสามเหลี่ยมปากแม่น้ำอิรวดี สินธุ แม่น้ำโขง และแม่น้ำแดง สำหรับเสือปลาพันธุ์ชวา (P.v. rizophoreus) ซึ่งอยู่ในเกาะชวาค่อนข้างมีแรงกดดันน้อยกว่าพันธุ์อื่น ๆ