การก่อความไม่สงบใน 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้ อันได้แก่ สงขลา, ยะลา, นราธิวาส และ ปัตตานี นั้นมีจุดเริ่มต้นที่จังหวัดปัตตานีก่อน ซึ่งเดิมจังหวัดปัตตานี เป็นส่วนหนึ่งของรัฐเอกราชที่ชื่อว่า อาณาจักรปัตตานี และในสมัย พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช รัชกาลที่ 1 เมื่อ พ.ศ. 2351 ปัตตานีก็ได้กลายมาเป็นหัวเมืองประเทศราชของสยาม ที่ขึ้นตรงต่อราชสำนักสยาม

ต่อมาใน พ.ศ. 2440 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ทรงจัดตั้ง "มณฑลเทศาภิบาล" ซึ่งทำให้แต่ละหัวเมืองเก็บภาษีเข้าสู่ราชสำนักสยามโดยตรง ทำให้ข้าราชการปัตตานีเกิดความไม่พอใจต่อสยาม ทำให้ พระยาวิชิตภักดี (เต็งกูอับดุลกอเดร์ กามารุดดีน) รายาแห่งปัตตานี ได้วางแผนก่อขบถและปลุกระดมราษฎร 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้ให้กระด้างกระเดื่องต่อสยาม จนถูกทางราชสำนักสยามจับกุมตัว หลังจากนั้น ก็มีเหตุความไม่สงบในสี่จังหวัดชายแดนภาคใต้อยู่เรื่อยมา แม้ว่ารัฐบาลทุกรัฐบาลจะพยายามแก้ไขปัญหานี้ แต่ก็ยังไม่บรรลุผล