เหรียญรัตนาภรณ์เป็นเหรียญราชอิสริยาภรณ์ที่สร้างขึ้นโดยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อปี พ.ศ. 2412 สำหรับพระราชทานเป็นบำเหน็จความชอบในพระองค์และในการช่าง เดิมชื่อ "เหรียญรจนาภรณ์" ซึ่งเป็นชั้นที่1 และ เหรียญบุษปมาลาซึ่งเป็นชั้นที่2 ภายหลังจากการการตราพระราชบัญญัติเครื่องราชอิสริยาภรณ์ พ.ศ. 2416 จึงเปลี่ยนชื่อเป็น "เหรียญรัตนาภรณ์" แต่การสถาปนาเหรียญรัตนาภรณ์ในครั้งนั้นก็ไม่ได้พระราชทานให้ผู้ใดมากกว่า 20 ปี[1]

จนกระทั่ง พ.ศ. 2444 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงปรารภถึงเจ้านายและข้าราชการ ซึ่งตามเสด็จประพาสเกาะชวาต้องลำบากตรากตรำ เพื่อช่วยกันพยาบาลสมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอ เจ้าฟ้าอัษฎางค์เดชาวุธ กรมขุนนครราชสีมา ซึ่งประชวรหนักอยู่เกือบเดือน พระองค์จึงโปรดเกล้าฯ ให้สร้างเหรียญรัตนาภรณ์ขึ้นใหม่ โดยให้แบ่งออกเป็น 5 ขั้น เพื่อพระราชทานเป็นบำเหน็จความชอบแก่ผู้โดยเสด็จในครั้งนั้นทั้งฝ่ายหน้าและฝ่ายใน และพระราชทานแก่ผู้อื่นเป็นบำเหน็จความชอบอย่างอื่นต่อมา

ในปี พ.ศ. 2447 เนื่องในโอกาสครบรอบ 100 ปี วันพระราชสมภพของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวนั้น พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงสถาปนาเหรียญรัตนาภรณ์ รัชกาลที่ 4 ขึ้นอีกอย่างหนึ่ง สำหรับพระราชทานพระบรมวงศานุวงศ์และข้าราชการผู้รับราชการมาในรัชกาลที่ 4 หรือผู้เป็นสมาชิกเครื่องราชอิสริยาภรณ์อันเป็นโบราณมงคลนพรัตนราชวราภรณ์ หลังจากนั้น ได้มีการสถาปนาเหรียญรัตนาภรณ์ขึ้นในทุกรัชกาลจนถึงปัจจุบัน