เห็ดราพบได้ทั่วโลก และเจริญเติบโตได้ในหลากหลายแหล่งที่อยู่ รวมทั้งสภาพแวดล้อมสุดขั้ว เช่น ทะเลทราย พื้นที่มีความเค็มสูง[33] หรือพื้นที่มีรังสีก่อไอออน[34] แม้กระทั่งตะกอนใต้ทะเลลึก[35] เห็ดราบางชนิดสามารถมีชีวิตรอดจากรังสีคอสมิกและยูวีเข้มข้นที่มีในอวกาศ[36] เห็ดราส่วนใหญ่เจริญเติบโตบนพื้นดิน แม้จะมีบางสายพันธุ์ที่อาศัยอยู่ในแหล่งน้ำแค่ช่วงหนึ่งของชีวิตหรือตลอดชีวิต เช่น ไคทริด Batrachochytrium dendrobatidis เป็นปรสิตที่ทำให้ประชากรของสัตว์สะเทินน้ำสะเทินบกลดลงทั่วโลก สิ่งมีชีวิตสายพันธุ์นี้ใช้ชีวิตช่วงหนึ่งเป็นซูสปอร์ ทำให้สามารถผลักตัวเองไปตามน้ำและเข้าไปอาศัยในตัวสัตว์สะเทินน้ำสะเทินบกได้[37] ตัวอย่างอื่นสำหรับเห็ดราที่อาศัยในน้ำรวมไปถึงพวกที่อาศัยอยู่ในบริเวณที่มีการไหลเวียนความร้อนของมหาสมุทร[38]

นักอนุกรมวิธานได้บรรยายเห็ดราไว้ประมาณ 120,000 ชนิด[39] แต่ความหลากหลายทางชีวภาพของทั้งอาณาจักรเห็ดราก็ยังคงไม่เป็นที่เข้าใจกันมากนัก[39] การประมาณในปี 2560 เสนอว่าอาจมีเห็ดราอยู่ระหว่าง 2.2 ล้าน ถึง 3.8 ล้านชนิด[40] ในทางกิณวิทยา แต่ละสายพันธุ์ของเห็ดราได้รับการจำแนกด้วยวิธีการหลายวิธี วิธีการจำแนกด้วยสัณฐาน เช่น ขนาดและรูปร่างของสปอร์หรือโครงสร้างผล นิยมใช้กันมากกับอาณาจักรเห็ดรา[41] สายพันธุ์หนึ่งอาจจำแนกด้วยลักษณะทางกายภาพและทางเคมี เช่น ความสามารถในการเผาผลาญสารชีวเคมีบางชนิด หรือปฏิกิริยาที่มีต่อการทดสอบทางเคมี แนวคิดสปีชีส์ในทางชีววิทยา จะจำแนกแต่ละสปีชีส์ด้วยความสามารถในการผสมพันธุ์ การใช้อุปกรณ์โมเลกุลเพื่อศึกษาความหลากหลาย เช่น การหาลำดับดีเอ็นเอและการวิเคราะห์ทางโมเลกุล ได้ทำให้การประมาณความหลากหลายทางพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ ดีมากยิ่งขึ้น[42]