เอนก ทับสุวรรณ เป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดสมุทรสาคร 7 สมัย ได้รับเลือกตั้งครั้งแรกในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2519 สังกัดพรรคประชาธิปัตย์ และได้รับเลือกตั้งต่อเนื่องอีกหลายสมัยโดยไม่เคยย้ายสังกัดพรรคการเมือง เคยได้รับแต่งตั้งเป็นรองหัวหน้าพรรคประชาธิปัตย์ ในระหว่างปี พ.ศ. 2530 ถึงปี พ.ศ. 2540 และเป็นที่ปรึกษาพรรคประชาธิปัตย์ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2540 เป็นต้นมา

เอนก ทับสุวรรณ เคยเป็นสมาชิกสภาปฏิรูปการปกครองแผ่นดิน ในปี พ.ศ. 2520 เป็นเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข ในปี พ.ศ. 2526 เป็นรองเลขาธิการนายกรัฐมนตรี ในปี พ.ศ. 2529 และได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคม ในปี พ.ศ. 2531[4] ต่อมาในปี พ.ศ. 2533 ถูกปรับไปเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงสาธารณสุข ต่อจากนั้นในรัฐบาลนายชวน หลีกภัย เขาได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงสาธารณสุข[5]เป็นสมัยที่ 2 และต่อมาจึงปรับไปดำรงตำแหน่งรีฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคม[6]