เอนิวะได้เริ่มก่อตัวขึ้น ในยุคโจมง ราวๆ 7,000 ปีก่อนคริสต์ศักราช ที่บริเวณโบราณสถานคาริมบะ (ญี่ปุ่น: カリンバ遺跡 โรมาจิ: Karinba Iseki) ในปัจจุบัน[1][2] และปรากฏหลักฐานว่าผู้คนเริ่มอพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐานอย่างจริงจังเมื่อ ราว 2,000 ปีก่อนศริสตศักราช[3] มีสิ่งประดิษฐ์มากมายถูกค้นพบในพื้นที่แห่งนี้ อาทิ หวีเคลือบ, ลูกปัด, เครื่องปั้นดินเผา และ เครื่องประดับหิน[1] นอกจากนี้ยังพบฝังศพในยุคประวัติศาสตร์ ช่วง ค.ศ. 700 - 1200 ที่บริเวณโมอิซาริโกฟุง (ญี่ปุ่น: 茂漁古墳群 โรมาจิ: Moizari kofun-gun)[4] ซึ่งลักษณะของหลุมฝังศพเหมือนกับที่เอเบ็ตสึโกฟุงและหลุมฝังศพทางตอนเหนือของโทโฮกุ

ภายหลังตระกูลมัตสึมาเอะจัดตั้งขึ้นในฮกไกโดตอนใต้ ในปี ค.ศ. 1590 ตระกูลได้แลกเปลี่ยนค้าขายกับชาวไอนุดั้งเดิมที่อาศัยอยู่ก่อนในพื้นที่ ต่อมาในยุคเอะโดะ หนึ่งใน 13 สถานค้าขายผ่านที่ราบอิชิการิ คือ แหล่งชูมามัปปุ (ญี่ปุ่น: シュママップ場所 โรมาจิ: Shumamappu Basho) (ไอนุ: Shuma-o-mappu (シュマ・オ・マップ) แหล่งค้าขายดำเนินการไปจนยุคเอโดะสิ้นสุดลง