เอนโดโซม (อังกฤษ: endosome) เป็นส่วนที่เป็นเยื่อหุ้มภายในเซลล์ยูคาริโอต เกี่ยวข้องกับการขนส่งระหว่างเยื่อหุ้มเซลล์ไปสู่ไลโซโซม เพื่อย่อยสลายหรือนำกลับมาใช้ใหม่ที่เยือหุ้มเซลล์ รวมทั้งการขนส่งโมเลกุลจากกอลจิ บอดีไปยังเอนโดโซม และต่อไปยังไลโซโซมหรือกลับมายังกอลจิบอดีอีกครั้ง โมเลกุลต่างๆอาจขนส่งผ่านเวสิเคิลที่หลุดออกมาเพื่อเข้าสู่ช่องว่างภายในเอ็นโดโซม จัดว่าเอ็นโดโซมมีบทบาทสำคัญในการขนส่งสารภายในเซลล์ [1] มีขนาดประมาณ 500 นาโนเมตร เมื่อโตเต็มที่[2].