ประสูติ ณ ปราสาทโพเซ็นฮอฟเฟ็น ราชอาณาจักรบาวาเรีย พระราชบิดาคือ ดยุกคาร์ล-ธีโอดอร์แห่งบาวาเรีย ประมุขฝ่ายชายแห่งราชอาณาจักรบาวาเรีย ที่ทรงเป็นนักจักษุวิทยาที่มีชื่อเสียง พระองค์ถูกตั้งพระนามตามพระเชษฐภคินีของพระราชบิดา จักรพรรดินีเอลิซาเบธแห่งออสเตรีย ฝ่ายพระราชมารดา คือ อินฟานตามาเรีย โจเซฟาแห่งโปรตุเกส พระราชธิดาของพระเจ้ามิเกลแห่งโปรตุเกส

พระราชบิดาทรงมีพระปรีชาสามารถด้านศิลปะเป็นพิเศษ จึงทรงเลี้ยงดูพระองค์ให้อยู่ในแวดวงของศิลปะแขนงต่างๆ เช่น การวาดเขียน การดนตรี และศิลปะปูนปั้น และในขณะที่ยังทรงพระเยาว์นั้น ได้ตามเสด็จพระราชบิดาไปยังคลินิกที่ซึ่งพระราชมารดานั้นทำหน้าที่เป็นพยาบาล พระองค์ได้เห็นถึงสภาพความเป็นอยู่ของผู้คนที่บาดเจ็บต่างๆ ซึ่งถือว่าเป็นสิ่งที่แปลกนักในฐานะของเจ้าหญิงที่จะได้สัมผัส