การกล่าวปราศรัยบนราชบัลลังก์ในวันที่ 22 มกราคม จักรพรรดินโปเลียนที่ 3 ได้ทรงประกาศการหมั้นอย่างเป็นทางการ พระองค์ได้ดำรัสว่า "ข้าชอบผู้หญิงคนนี้คนที่ข้ารักและเคารพ ที่ไม่มีใครรู้และเป็นผู้ซึ่งเป็นมิตรไมตรีและเป็นผู้เสียสละ" คู่รักที่รู้จักกันอย่างแพร่หลายนี้ได้ถูกวิพากย์วิจารณ์เสียดสีจากสหราชอาณาจักร หนังสือพิมพ์ เดอะ ไทม์ได้เขียนว่า "เราได้รู้บางสิ่งที่น่าขบขันคือเหตุการณ์ความรักในจักรวรรดิฝรั่งเศสซึ่งเรียกว่าคู่แข่งด้านหน้าของอังกฤษและกระตุ้นให้สร้างความขุ่นเคืองมากที่สุด พระราชวงศ์ รัฐบาล ประชากรในเขตพระราชวังและเขตรอบนอก และการกระทบกระเทือนการสมรสครั้งนี้ทั้งหมดเป็นความอัปยศอดสูของฝรั่งเศสที่วิเศษที่สุด" เคานท์เตสชาวสเปนวัย 26 ชันษาผู้ซึ่งมีเชื้อสายตระกูลเก่า หนังสือพิมพ์อังกฤษได้บรรยายด้วยการปกปิดข้อเท็จจริง ทำให้ไม่มีคำอธิบายที่ดีพอสำหรับราชวงศ์โบนาปาร์ต

ในวันที่ 16 มีนาคม พ.ศ. 2399 พระนางได้ให้กำเนิดพระโอรสคือมกุฎราชกุมารนโปเลียน ยูเจนีแห่งฝรั่งเศส ซึ่งได้รับพระยศเป็น Prince Impérial

ด้วยพระสิริโฉม พระจริยาวัตรที่งดงาม และสติปัญญาของพระนางมีส่วนช่วยทำให้การปกครองดำเนินไปด้วยความรุ่งโรจน์ พระนางมีพระสหายสนิทมาก คือ เจ้าหญิงพอลีน ฟาน แม็ตเตอร์นิก ภริยาในเอกอัครราชทูตออสเตรียในปารีส ผู้ซึ่งมีบทบาทสำคัญมากในสังคมและพระราชวงศ์พระนางทรงสนพระทัยเกี่ยวกับพระราชประวัติของพระนางมารี อองตัวเนต ได้จุดประกายให้พระองค์สนพระทัยในเครื่องแต่งกาย ข้าวของเครื่องใช้ และการตกแต่งภายในแบบศิลปะนีโอคลาสสิกในรัชสมัยของพระเจ้าหลุยส์ที่ 16 แห่งฝรั่งเศส

ด้วยพระนางทรงมีความรู้และเฉลียวฉลาด พระสวามีจึงปรึกษาพระนางอยู่เสมอเมื่อทรงมีปัญหาทางการเมืองการปกครอง พระนางทรงเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ในช่วงที่พระสวามีเสด็จเยือนต่างประเทศในปี พ.ศ. 2405, พ.ศ. 2408 และ พ.ศ. 2413