หลังจากกลับสู่กัมพูชา เขาเข้าร่วมในคณะกรรมการกลางของพรรคแรงงานกัมพูชาในเดือนกันยายน พ.ศ. 2503[5] หลังจากการล่มสลายของสาธารณรัฐเขมรเมื่อ 17 เมษายน พ.ศ. 2518 เขาได้เชื้อเชิญผู้ที่อพยพไปอยู่ต่างประเทศให้เข้าร่วมในการสร้างกัมพูชาขึ้นมาใหม่ แต่เมื่อคนกลุ่มนี้ไปถึงกลับถูกจับ และส่งเข้าศูนย์กักกัน[6] ในช่วงสิ้นปี พ.ศ. 2520 เขาปฏิเสธการเจรจาอย่างเปิดเผยเกี่ยวกับผู้อพยพชาวกัมพูชา จนกระทั่งถูกโค่นอำนาจใน พ.ศ. 2522 ต่อมา เอียง ซารีได้รับอภัยโทษจากพระนโรดม สีหนุใน พ.ศ. 2539 เขาเป็นผู้ก่อตั้งขบวนการสหภาพแห่งชาติประชาธิปไตยแยกตัวออกมาจากพรรคสามัคคีแห่งชาติกัมพูชา