เขาได้รับการอภัยโทษจากคุโรดะ คิโยตากะ ในปี ค.ศ. 1872 เนื่องจากทางคุโรดะได้เห็นถึงความสามารถในตัวเขา ในปี ค.ศ. 1874 เขาได้เป็นพลเรือโท และได้เดินทางไปยังรัสเซีย เพื่อเจรจาเกี่ยวกับสนธิสัญญาเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก ผลปรากฏว่า การเจรจาเป็นผลสำเร็จและเขาได้รับการตอบรับเป็นอย่างดีจากชาวญี่ปุ่น และเขาก็เริ่มมีชื่อเสียงในทางการเมือง มีเรื่องเล่าที่ว่า การที่เอโนโมโตะได้รับเลือกให้ทำภารกิจสำคัญดังกล่าว ถูกมองว่าเป็นหลักฐานการปรองดองระหว่างอดีตศัตรูในรัฐบาล

ในปี ค.ศ. 1880 เอโนโมโตะได้เป็นรัฐมนตรีกองทัพเรือ (Kaigun kyō, 海軍卿) และเขาก็ได้ใช้ทักษะการทูต ให้ความช่วยเหลืออิโตะ ฮิโรบุมิ ในการสรุปอนุสัญญาเทียนซินกับราชวงศ์ชิง หลังจากนั้นเอโนโมโตะก็ได้แสดงบทบาทอันโดดเด่นในรัฐบาลญี่ปุ่น และได้รับเลือกเป็นคณะองคมนตรีในปี ค.ศ. 1887 เขาเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคมคนแรกของญี่ปุ่น นอกจากนี้ เขายังดำรงตำแหน่งเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ (ค.ศ. 1894 – ค.ศ. 1897) รัฐมนตรีกระทรวงศึกษาธิการ (ค.ศ. 1889 – ค.ศ. 1890) และรัฐมนตรีการต่างประเทศ (ค.ศ. 1891 – ค.ศ. 1892)

เขาทำงานโดยเฉพาะอย่างยิ่งในการส่งเสริมการอพยพของญี่ปุ่นผ่านอาณานิคมไม้ตายในมหาสมุทรแปซิฟิก ทวีปอเมริกาใต้และอเมริกากลาง ในปี ค.ศ. 1891 เขาได้ต่อต้านเจตนารมณ์ของคณะรัฐมนตรีมัตสึกาตะ มาซาโยชิ ส่วน "การย้ายถิ่นฐาน" ในกระทรวงการต่างประเทศนั้น มีหน้าที่ส่งเสริมการย้ายถิ่นฐานและการค้นหาดินแดนใหม่ ๆ สำหรับการตั้งถิ่นฐานของชาวญี่ปุ่นในต่างประเทศ สองปีต่อมา หลังจากที่เขาได้ออกจากรัฐบาล เขาก็ช่วยจัดตั้งองค์กรเอกชนคือ "สมาคมอาณานิคม" เพื่อส่งเสริมการค้าและการย้ายถิ่นฐานภายนอก เขาเสียชีวิตในวัย 72 ปี