พื้นที่โครงการเอ็มควอเทียร์จะประกอบไปด้วยอาคารศูนย์การค้าทั้งหมดสามอาคาร ดังนี้

• อาคารฮีลิกส์ควอเทียร์ (The Helix Quartier) หรืออาคาร A (ด้านหน้าฝั่งซอยสุขุมวิท 35) เป็นอาคารที่ตั้งของร้านค้าระดับลักชัวรี่ ร้านค้าสินค้าไอที ร้านค้าบริการ และสถาบันความงามตั้งแต่ชั้น G-4 ส่วนชั้น 5 จะเป็นที่ตั้งของสวนลอยฟ้า ฮีลิกส์ วอเตอร์ การ์เดน ซึ่งเป็นจุดเด่นของอาคาร และตั้งแต่ชั้นนี้เป็นต้นไป ลักษณะทางเดินของอาคารจะเป็นแบบเกลียว โดยที่ผู้มาใช้บริการสามารถเดินขึ้นจากชั้นสวนลอยฟ้าไปจนถึงชั้นบนสุดได้โดยการเดินวนรอบไปตามทางลาด ซึ่งตลอดทางลาดจะเป็นร้านอาหารตลอดทาง ชั้นใต้ดินของอาคารนี้เป็นที่ตั้งของลานจอดรถอัตโนมัติพร้อมห้องรับรอง โดยเอ็มควอเทียร์จะเป็นศูนย์การค้าแห่งแรกในประเทศไทยที่นำระบบจอดรถอัตโนมัติมาใช้งาน การตกแต่งภายในใช้สีขาวทองแบบเดียวกับเอ็มโพเรียม

• อาคารกลาสควอเทียร์ (The Glass Quartier) หรืออาคาร B (ด้านหน้าฝั่งธนาคารออมสินสาขาพร้อมพงษ์) เป็นที่ตั้งของร้านค้าระดับกลาง-บน ร้านค้าแฟชั่น ศูนย์อาหาร ศูนย์ออกกำลังกายเวอร์จินแอคทีฟ ฟิตเนส ความสูง 3 ชั้น ศูนย์ออกกำลังกายบ๊าวซ์อิงค์ แทมโพรีนอารีนา เอสเคป แบงค็อก และอาคารสำนักงานภิรัชทาวเวอร์ แอท เอ็มควอเทียร์ ซึ่งเป็นอาคารสำนักงานความสูง 45 ชั้น บริหารงานโดยกลุ่มภิรัชบุรี มีห้องรับรองกลางที่ชั้น M โดยเริ่มนับชั้นอาคารสำนักงานที่ชั้น 15 และมีลิฟต์โดยสารความเร็วสูง เช่นเดียวกับอาคารระฟ้าทั่วไป นอกจากนี้ยังมีลานจอดเฮลิคอปเตอร์รวมถึงจุดชมทัศนียภาพ หรือ สกายคลิฟฟ์ที่ชั้นดาดฟ้า และห้องรับรองส่วนตัวที่ชั้น 45 จุดเด่นคือตกแต่งอาคารด้วยกระจกทั้งหมดตั้งแต่ด้านหน้าอาคารยาวไปจนถึงอาคารวอเตอร์ฟอลควอเทียร์ อีกทั้งยังสามารถมองเห็นกิจกรรมภายในอาคารได้จากฝั่งซอยสุขุมวิท 37 ทั้งหมด ภายในตกแต่งด้วยสีสันฉูดฉาด ตัดกับสีขาวทองอันเป็นสัญลักษณ์กลางของศูนย์ฯ

• อาคารวอเตอร์ฟอลควอเทียร์ (The Waterfall Quartier) หรืออาคาร C (ด้านหลัง) เป็นที่ตั้งของลานจอดรถตั้งแต่ชั้น B ถึงชั้น 3 นอกจากนี้ยังมี กูร์เมต์ มาร์เก็ต คิวเรเตอร์ คิว สปอร์ตมอลล์ สถาบันการเงิน และโรงภาพยนตร์ควอเทียร์ ซีเนอาร์ต ในเครือเมเจอร์ซีนีเพล็กซ์ กรุ๊ป จุดเด่นคืออาคารดังกล่าวเป็นที่ตั้งของควอเทียร์ฟอล น้ำตกประดิษฐ์ที่สูงที่สุดในเอเชีย ที่จะเริ่มต้นน้ำจากชั้น 4 ของอาคาร C และไหลมาจนถึงทางเดินชั้น G ระหว่างอาคาร A และอาคาร B ภายในตกแต่งแนวฮิปชิค เน้นการตัดสีระหว่างสีขาว-ดำ นอกจากนี้ยังมีจอ LED เกลียว ความสูง 3 ชั้นตั้งอยู่ด้วย

ซึ่งอาคารศูนย์การค้าทั้งสามอาคารจะมีสะพานเชื่อมถึงกัน และชั้นเอ็มยังมีทางเชื่อมไปยังเอ็มดิสทริค สเตชัน และอาคารเอ็มโพเรียม นอกจากนี้ทางเดินระหว่างอาคารที่ชั้น G จะตกแต่งให้เป็นแนวธรรมชาติตลอดทางคั่นกลางด้วยทางไหลของน้ำจากควอเทียร์ฟอล เสมือนว่าเป็นเส้นแบ่งเขตระหว่างศูนย์การค้ากับอาคารสำนักงาน