เฮปาริน (อังกฤษ: heparin) เป็นสารไกลโคซามิโนไกลแคน ที่มีหมู่ซัลเฟตอยู่จำนวนมาก ใช้กันแพร่หลายในฐานะเป็นยาต้านการแข็งตัวของเลือดแบบฉีด และยังเป็นชีวโมเลกุลที่มีความหนาแน่นของประจุลบมากที่สุดเท่าที่รู้จักอีกด้วย[1] นอกจากนี้ยังสามารถใช้เป็นสารต้านการแข็งตัวของเลือดเคลือบบนผิวภายในของวัสดุที่ใช้ในการทดลองและอุปกรณ์ทางการแพทย์อย่างหลอดทดลองและเครื่องฟอกเลือดได้อีกด้วย เฮปารินที่มีคุณภาพระดับใช้เป็นยานั้นได้จากเนื้อเยื่อเมือกของสัตว์เช่นลำไส้หมูหรือปอดวัว[2]แม้สารนี้จะมีใช้เป็นสารต้านการแข็งตัวของเลือดอยู่ทั่วไปในการแพทย์แต่บทบาททางสรีรวิทยาที่แท้จริงนั้นยังไม่เป็นที่แน่ชัด เนื่องจากส่วนใหญ่แล้วสมบัติการต้านการแข็งตัวในเลือดนั้นได้จาก heparan sulfate proteoglycans ที่มาจากเซลล์บุผิว endothelium[3] ส่วนใหญ่เฮปารินมักถูกเก็บอยู่ใน secretory granule ของ mast cell และจะถูกปล่อยออกมาก็ต่อเมื่ออยู่ในหลอดเลือดของเนื้อเยื่อที่กำลังมีการบาดเจ็บ มีการเสนอว่าหน้าที่ที่แท้จริงของเฮปารินไม่ใช่การต้านการแข็งตัวของเลือดแต่เป็นเพื่อป้องกันบริเวณเนื้อเยื่อที่กำลังมีการบาดเจ็บอยู่นั้นจากแบคทีเรียและสิ่งแปลกปลอมอื่นๆ[4] นอกจากนี้ยังพบว่ามีเฮปารินอยู่ในสิ่งมีชีวิตหลายสปีชีส์ รวมทั้งสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังที่ไม่มีระบบการแข็งตัวของเลือดด้วย