เฮย์เดน คริสเตนเซ่น เกิดวันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2524 ที่เมืองแวนคูเวอร์ ประเทศแคนาดา แต่เติบโตที่กรุงโตรอนโต ซึ่งยังอาศัยอยู่ในปัจจุบัน เป็นลูกชายของเดวิด กับ แอลลี คริสเตนเซน นักธุรกิจด้านโทรคมนาคม เฮย์เดนมีพี่สาวชื่อ "เฮจซา" เป็นแชมป์แทรมโพลีนรุ่นเยาว์ระดับโลกและได้รับทาบทามไปถ่ายโฆษณาขนมขบเคี้ยว และได้ชักชวนเฮย์เดนถ่ายโฆษณาด้วย เขาได้เป็นนายแบบโฆษณาหลายชิ้น

เมื่อตอนอายุ 13 ปี เขาได้เริ่มต้นการแสดงอย่างจริงจัง ในละครชุดทางทีวีที่แคนาดาทำร่วมกับเยอรมันเรื่อง Macht Der Leidenschaft/Family Passions จากนั้นจึงได้บทเล็กบทน้อยในละครหลายเรื่องของแคนาดา รวมถึงภาพยนตร์เรื่อง Stateside และเขายังโด่งดังในสหรัฐอเมริกาในผลงานเรื่อง Higher Ground ที่รับบทเป็นเด็กติดยาที่ถูกแม่เลี้ยงล่วงละเมิด และยังมีผลงานอื่นในเวลาต่อมา ได้แก่เรื่อง A Purple Haze รับบทเป็นคนติดยาเสพติด ในช่วงที่หนังทีวีเรื่องนี้ออกอากาศ เฮย์เดนจบการศึกษาระดับมัธยมปลายที่ยูเนียนวิลล์ ออนตาริโอ และเตรียมเข้ามหาวิทยาลัยในทุนนักกีฬาเทนนิส

ในเดือน มี.ค. 2543 เฮย์เดนได้รับคัดเลือกให้รับบท อนาคิน สกายวอล์กเกอร์ จากผู้เข้าคัดเลือก 400 คนรวมถึงลีโอนาร์โด ดิคาปริโอ หลังจากทีมงานลงมติว่า ฝีมือและรูปร่างหน้าตาขึ้นกล้องเวลาประกบนางเอก นาตาลี พอร์ตแมน หลังจากนั้นเขาแสดงในภาพยนตร์เรื่อง Life As A House รับบทเป็นลูกชายที่มีปมปัญหากับพ่อแม่ แสดงร่วมกับ เควิน ไคลน์ รับบทพ่อ คริสเตียน โธมัส สกอต รับบทแม่ ซึ่งจากบทนี้ทำให้เขาได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลลูกโลกทองคำ