เจ้าหญิงเฮเลนประสูติที่กรุงเอเธนส์ พระองค์เป็นราชธิดาองค์ที่ 3 ของมกุฎราชกุมารคอนสแตนตินแห่งกรีซ กับพระมเหสีคือ เจ้าหญิงโซเฟียแห่งปรัสเซีย พระองค์มีพระเชษฐาและพระอนุชา 3 พระองค์ซึ่งต่อมาได้เป็นกษัตริย์แห่งกรีซคือ สมเด็จพระราชาธิบดีจอร์จที่ 2 แห่งกรีซ, สมเด็จพระราชาธิบดีอเล็กซานเดอร์ที่ 1 แห่งกรีซ, สมเด็จพระราชาธิบดีพอลที่ 1 แห่งกรีซ และมีพระขนิษฐภคินี 2พระองค์คือ สมเด็จเจ้าฟ้าหญิงไอรีนแห่งกรีซและเดนมาร์ก ,สมเด็จเจ้าฟ้าหญิงแคทเธอรีนแห่งกรีซและเดนมาร์ก พระองค์มีพระนามที่เรียกกันในราชวงศ์ว่า "ซิทตา"(Sitta)

ในปี พ.ศ. 2453 พระองค์ต้องเสด็จออกจากประเทศพร้อมพระราชบิดา-มารดาและพี่น้อง เป็นผลให้พระปิตุลาของพระองค์คือสมเด็จพระราชาธิบดีจอร์จที่ 1 แห่งกรีซ ต้องถูกเชิญออกจากบัลลังก์และพระบิดาของพระองค์ได้สืบบัลลังก์ต่อเป็นสมเด็จพระราชาธิบดีคอนสแตนตินที่ 1 แห่งกรีซ ราชวงศ์ต้องเสด็จไปพำนักที่ซอส ฟรายดิชชอฟ (Schloss Friedrichshof) ซึ่งเป็นบ้านของพระมาตุจฉาของพระองค์คือเจ้าหญิงมาร์กาเรเทแห่งปรัสเซียในฤดูร้อน และได้ไปพำนักที่แฟรงก์เฟิร์ตในฤดูหนาวก่อนที่เสด็จกลับเอเธนส์

ในปี พ.ศ. 2460 เฮเลนและราชวงศ์ต้องเสด็จออกนอกประเทศอีกครั้ง เนื่องจากพระบิดามิได้สนับสนุนพันธมิตรในสงครามโลกครั้งที่ 1 หลังจากพำนักอยู่ที่เซนต์มอริตเพียงสั้นๆ ก็ต้องไปพำนักใกล้เมืองซูริค การเคลื่อนไหวของพวกเขาถูกควบคุมโดยพันธมิตรอย่างเข้มงวด หลังจากนั้นก็ยกเลิกการควบคุมตัว