เดิมแขวงทรายกองดินเป็นมีฐานะเป็น ตำบลทรายกองดิน ขึ้นกับอำเภอเมือง (อำเภอคลองสามวาเดิม) จังหวัดมีนบุรี จนกระทั่ง พ.ศ. 2474 จังหวัดมีนบุรีถูกยุบรวมเข้ากับจังหวัดพระนคร[8] อำเภอเมืองซึ่งเคยเป็นที่ตั้งของจังหวัดมีนบุรีจึงเปลี่ยนชื่อเป็นอำเภอมีนบุรี ต่อมาใน พ.ศ. 2505 กระทรวงมหาดไทยได้แยกหมู่ที่ 1–10, 15 และ 16 ของตำบลทรายกองดินไปจัดตั้งเป็นตำบลทรายกองดินใต้[9] และในปีถัดมาได้ขยายเขตสุขาภิบาลมีนบุรีให้ครอบคลุมตำบลทรายกองดินด้วย[10]

ใน พ.ศ. 2514 จังหวัดพระนครถูกรวมกับจังหวัดธนบุรีแล้วเปลี่ยนแปลงฐานะเป็นนครหลวงกรุงเทพธนบุรี[11] จากนั้นใน พ.ศ. 2515 จึงเปลี่ยนแปลงฐานะเป็นกรุงเทพมหานคร[12] ซึ่งได้เปลี่ยนการเรียกหน่วยการปกครองใหม่ ตำบลทรายกองดินจึงเปลี่ยนแปลงฐานะเป็น แขวงทรายกองดิน และอยู่ในเขตการปกครองของเขตมีนบุรี ก่อนจะย้ายมาขึ้นกับเขตคลองสามวาซึ่งจัดตั้งขึ้นใหม่ใน พ.ศ. 2540[13]