แขวงบอลิคำไซจัดตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2526 โดยได้มีการแยกเมืองปากซัน เมืองท่าพระบาท เมืองบริคัณฑ์ (มาจากชื่อเต็มในอดีต "เมืองบริคัณฑนิคม") จากแขวงเวียงจันทน์ และแยกเมืองปากกระดิ่ง เมืองคำเกิด จากแขวงคำม่วน มารวมกันแล้วตั้งเป็นแขวงใหม่ เนื่องจากพื้นที่แขวงเวียงจันทน์และแขวงคำม่วนกว้างใหญ่ การปกครองดูแลไม่ทั่วถึง ชื่อของแขวงมาจากชื่อเมืองบริคัณฑ์และเมืองคำเกิดมาสมาสกับคำว่าชัยชนะหรือไซซะนะในภาษาลาว จึงเรียกว่า "บอลิคำไซ" ส่วนเมืองเวียงทองได้จัดตั้งขึ้นในภายหลัง แขวงนี้มีชื่อเสียงมากเกี่ยวกับหินปูน ทั้งทัศนียภาพและเหมืองซึ่งใหญ่ที่สุดในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้