แขวงบางปะกอกมีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียงดังต่อไปนี้[3]

• ทิศเหนือ ติดต่อกับแขวงบางมด แขวงจอมทอง แขวงบางค้อ (เขตจอมทอง) แขวงดาวคะนอง (เขตธนบุรี) แขวงบางคอแหลม และแขวงบางโคล่ (เขตบางคอแหลม) มีถนนสุขสวัสดิ์ คลองดาวคะนอง และแนวกึ่งกลางแม่น้ำเจ้าพระยาเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับแขวงราษฎร์บูรณะ (เขตราษฎร์บูรณะ) มีแนวเส้นตรงจากปากคลองราษฎร์บูรณะและคลองราษฎร์บูรณะเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศใต้ ติดต่อกับแขวงบางมด (เขตทุ่งครุ) มีคลองตาเทียบและลำรางสาธารณะเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับแขวงบางมด (เขตจอมทอง) มีคลองกอไผ่ขวด คลองยายจำปี และคลองบางปะแก้วเป็นเส้นแบ่งเขต