แคล้ว ธนิกุล เสียชีวิตในเวลาหัวค่ำของวันที่ 5 เมษายน พ.ศ. 2534 ที่ถนนปิ่นเกล้านครชัยศรี ในเขตอำเภอสามพราน จังหวัดนครปฐม จากการถูกลอบสังหารด้วยอาวุธสงคราม อาทิ ปืนเอ็ม 16, ปืนอาก้า, เครื่องยิงลูกระเบิดเอ็ม 79 อย่างอุกอาจ ขณะกำลังโดยสารไปในรถกระบะยี่ห้อนิสสันสีดำเพื่อเดินทางกลับบ้านที่จังหวัดสมุทรสงคราม พร้อมด้วยลูกน้องคู่ใจ คือ นายสกุลยุทธ์ ทองสายธาร[1] หรือฉายา "ตี๋ ดำเนิน" หรือ "มือปืนร้อยศพ" สภาพรถทั้งคันพรุนไปด้วยรูกระสุน และศพของทั้งคู่ก็ถูกยิงเลือดโชก โดยเฉพาะนายแคล้วที่นั่งอยู่เบาะหลัง ที่ภายในปากยังอมพระเครื่องอยู่ ด้วยหวังว่าจะช่วยคุ้มครองให้ปลอดภัย ซึ่งสาเหตุการลอบสังหารครั้งนี้ จนปัจจุบันก็ยังไม่สามารถหาผู้กระทำผิดมาลงโทษได้ ซึ่งก่อนหน้านั้นแคล้วเคยถูกลอบสังหารด้วยกระสุนและระเบิดมาแล้วถึง 2 ครั้ง จนกลายเป็นคำร่ำลือกันต่าง ๆ นานา ด้วยในขณะนั้น ทางคณะรักษาความสงบเรียบร้อยแห่งชาติ (รสช.) ซึ่งได้กระทำการรัฐประหารไปก่อนหน้านั้นไม่นาน มีนโยบายปราบปรามผู้มีอิทธิพลต่าง ๆ ซึ่งเชื่อกันว่า แคล้ว ธนิกุล เองก็เป็นหนึ่งในรายชื่อเหล่านั้น[2][3]