แนวร่วมปลดปล่อยอิสลามโมโรเดิมมีศูนย์กลางอยู่ในแนวร่วมปลดปล่อยแห่งชาติโมโรที่ก่อตั้งเมื่อราว พ.ศ. 2503 กลุ่มนี้มีความต้องการจัดตั้งรัฐอิสลามโมโรและดำเนินการก่อการร้ายเพื่อสนับสนุนแนวคิดนี้ รัฐบาลฟิลิปปินส์ไม่ยอมรับแนวคิดการจัดตั้งรัฐอิสลามและส่งกองทหารเข้ามาปราบปราม แนวร่วมปลดปล่อยอิสลามโมโรแยกตัวออกมาเมื่อ พ.ศ. 2524 หลังจากที่แนวร่วมปลดปล่อยแห่งชาติโมโรยอมเจรจาสันติภาพกับรัฐบาล.[4]

แนวร่วมปลดปล่อยอิสลามโมโรกลายเป็นกลุ่มแบ่งแยกดินแดนที่ใหญ่ที่สุดในฟิลิปปินส์ มีการทำความตกลงหยุดยิงกับรัฐบาลเมื่อ พ.ศ. 2540 แต่ข้อตกลงนี้ถูกละเมิดเมื่อ พ.ศ. 2543 โดยรัฐบาลของโจเซฟ เอสตราด้า แนวร่วมปลดปล่อยอิสลามโมโรได้ประกาศญิฮาด และมีการกล่าวอ้างว่ากลุ่มนี้มีความสัมพันธ์กับอาบูไซยาฟและอัลกออิดะฮ์

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2548 แนวร่วมปลดปล่อยอิสลามโมโรเข้าโจมตีกองทหารของรัฐบาลในมากวินดาเนา ทำให้มีผู้เสียชีวิตอย่างน้อย 23 คน อาบู โซเฟียและอาบูไซยาฟเข้ามาเกี่ยวข้องในวันที่มีการต่อสู้ด้วย แต่แนวร่วมปลดปล่อยอิสลามโมโรออกมาปฏิเสธภายหลังว่าไม่ได้เกี่ยวข้องกับการโจมตีนี้และปฏิเสธความเกี่ยวข้องกับอัลกออิดะฮ์ในทุกกรณี

วันที่ 7 ตุลาคม 2555 ประธานาธิบดีเบนิกโน อากีโนประกาศข้อตกลงแลกประโยชน์สันติภาพกับแนวร่วมปลดปล่อยอิสลามโมโร[5]