ในช่วง พ.ศ. 2513 MNLF จัดตั้งโดย นูร มิซัวรี เพื่อเรียกร้องเอกราขให้ชาติโมโร การต่อสู้ของกลุ่มนี้เป็นการดึงเอาการต่อสู้อิงแนวทางศาสนาอิสลามเข้ามาในฟิลิปปินส์เป็นกลุ่มแรก มีการเจรจาสันติภาพกับรัฐบาลเมื่อ พ.ศ. 2519 แต่ไม่สำเร็จ การต่อสู้จึงดำเนินต่อไป

MNLF ยังคงต่อสู้เพื่อเอกราชด้วยความรุนแรงจน พ.ศ. 2524 มีการแยกตัวออกเป็นกลุ่มแนวร่วมปลดปล่อยอิสลามโมโร พ.ศ. 2529 MNLF กับรัฐบาลฟิลิปปินส์ได้เจรจาสันติภาพกันสำเร็จ รัฐบาลยอมให้ตั้งเขตปกครองตนเองในบริเวณที่ชาวมุสลิมเป็นชนส่วนใหญ่ บริเวณดังกล่าวคือเขตปกครองตนเองมุสลิมมินดาเนา