เมื่อแบชเริ่มทำงาน มันจะทำคำสั่งในสคริปเริ่มต้นต่าง ๆ กันแล้วแต่กรณี

ถ้าเรียกแบชเป็นเชลล์ล็อกอิน หรือเรียกโดยมีออปชัน --login มันจะไปค้นหา /etc/profile ตามด้วย ~/.bash_profile, ~/bash_login และ ~/.profile ตามลำดับ มันจะรันคำสั่งในไฟล์แรกที่มันพบและสามารถอ่านได้ สามารถสั่งให้แบชไม่รันคำสั่งโดยออปชัน --noprofile

ถ้าล็อกอินเชลล์จบการทำงาน แบชจะไปรันคำสั่งใน ~/.bash_logout ถ้ามี

ถ้าเรียกแบชเป็นเชลล์โต้ตอบที่ไม่ใช้ล็อกอิน มันจะไปอ่านและรันคำสั่งใน ~/.bashrc ถ้ามี สามารถสั่งไม่ให้รันได้ด้วยออปชัน --norc และสั่งให้รันจากไฟล์ที่กำหนดด้วยออปชัน --rcfile

ถ้าเรียกแบชเป็นเชลล์เพื่อรันสคริปต์ มันจะตรวจสอบตัวแปร BASH_ENV และรันคำสั่งในไฟล์ที่ระบุแบชไม่ใช้ตัวแปร PATH ในการค้นหาไฟล์

ถ้าเรียกแบชโดยใช้ชื่อ sh มันจะเลียนแบบการทำงานของบอร์นเชลล์มากที่สุดเท่าที่ทำได้ ตราบเท่าที่ยังเป็นตามมาตรฐาน POSIX เมื่อเป็นล็อกอินเชลล์หรือมีออปชัน --login มันจะไปหา /etc/profile และ ~/.profile ตามลำดับ และสามารถใช้ --noprofile เพื่องดการรันคำสั่งเริ่มต้น เมื่อไม่เป็นล็อกอินเชลล์ มันจะหาไฟล์ที่กำหนดโดยตัวแปร ENV และเมื่อเรียกเพื่อรันสคริปจะไม่รันคำสั่งเริ่มต้นเลย

ถ้าแบชทำงานในโหมด POSIX โดยใช้ออพชัน --posix จะรันคำสั่งจากไฟล์ที่ระบุใน ENV เท่านั้นเพื่อเป็นไปตามมาตรฐาน POSIX

แบชยังตรวจว่ามันถูกเรียกจาก remote shell daemon ซึ่งมักเป็น rshd หรือไม่ ถ้าใช่ ก็จะรันคำสั่งใน ~/.bashrc (ยกเลิกได้โดยออพชัน --norc และเปลี่ยนไฟล์โดยใช้ออพชัน --rcfile แต่ปกติ rshd มักไม่สามารถรันเชลล์โดยระบุออพชันเหล่านี้)