18 เดือนหลังการต่อสู้อย่างดุเดือดในเมืองเมโทรโปลิสระหว่างซูเปอร์แมนกับนายพลซ็อด ซูเปอร์แมนกลายเป็นหัวข้อถกเถียง คลาร์ก เค้นต์ นามแฝงของซูเปอร์แมนและนักข่าวของเดลีแพลเน็ทย้ายมาอยู่กับโลอิส เลน ขณะที่บรูซ เวย์น มหาเศรษฐีและผู้พิทักษ์เมืองกอแทมในชื่อ "แบทแมน" มองว่าซูเปอร์แมนเป็นภัยคุกคาม ด้านคลาร์กเองก็มองว่าแบทแมนเป็นภัยคุกคามเช่นกันและลงบทความโจมตีในเดลีแพลเน็ท เวย์นสืบรู้ว่านักค้าอาวุธชาวรัสเซีย อนาโตลี เคนยาเซฟติดต่อกับเล็กซ์ ลูเธอร์ เจ้าของบริษัทเล็กซ์ ลูเธอร์ขออนุญาตวุฒิสมาชิกจูน ฟินช์ให้นำคริปโตไนต์ขึ้นจากมหาสมุทรอินเดียหลังซ็อดพยายามจะแปรสภาพเป็นที่ดิน แต่ฟินช์ไม่อนุญาต ลูเทอร์ยังแอบติดต่อกับคนใกล้ชิดของฟินช์เพื่อครอบครองร่างของซ็อดและยานคริปโตไนต์

เวย์นร่วมงานเลี้ยงของลูเทอร์และพบกับไดแอนา พรินซ์ นักค้าของเก่าผู้ลึกลับ เวย์นลอบเข้าไปขโมยข้อมูลภายในเมนเฟรมของบริษัทเล็กซ์ ขณะกำลังถอดรหัสข้อมูลในถ้ำค้างคาว เวย์นฝันเห็นโลกหลังถูกภัยพิบัติ โดยมีเขาเป็นหัวหน้าทีมที่ต่อสู้กับซูเปอร์แมน เวย์นได้รับคำเตือนจากผู้เดินทางข้ามเวลาว่าเลนจะมีบทบาทสำคัญในอนาคตและรีบเร่งให้เขาค้นหา "คนอื่น ๆ" ภายหลังเวย์นพบว่าลูเธอร์ไม่ได้ต้องการแค่ทดลองคริปโตไนต์ แต่ยังทดลองกับยอดมนุษย์ ซึ่งหนึ่งในนั้นคือพรินซ์ซึ่งเป็นนักรบอมตะ เวย์นบอกกับอัลเฟรด เพนนีเวิร์ธ พ่อบ้านและคนใกล้ชิดว่าเขาวางแผนจะขโมยคริปโตไนต์เพื่อใช้ต่อสู้กับซูเปอร์แมน

ลูเธอร์วางระเบิดในที่ประชุมที่ฟินช์กำลังไต่สวนซูเปอร์แมน ทำให้ทุกคนเสียชีวิต ซูเปอร์แมนซึ่งเสียใจที่ยับยั้งเหตุการณ์นี้ไม่ได้ตัดสินใจเนรเทศตัวเอง ด้านแบทแมนบุกเข้าไปในบริษัทเล็กซ์เพื่อขโมยคริปโตไนต์ จากนั้นได้สร้างชุดเกราะ ปืนยิงระเบิดคริปโตไนต์และหอกคริปโตไนต์ ขณะเดียวกันลูเธอร์ได้เข้าไปในยานคริปโตไนต์และได้พบข้อมูลหลายอย่าง

ลูเธอร์ลักพาตัวมาร์ธา เค้นต์ แม่บุญธรรมของคลาร์กและเปิดเผยว่าตนต้องการยุยงให้ซูเปอร์แมนและแบทแมนสู้กัน ลูเธอร์บังคับให้ซูเปอร์แมนฆ่าแบทแมนเพื่อแลกกับชีวิตของมาร์ธา ซูเปอร์แมนพยายามอธิบายให้แบทแมนฟังแต่ไม่สำเร็จ ทั้งคู่สู้กันอย่างรุนแรง ก่อนที่แบทแมนจะมีโอกาสฆ่าซูเปอร์แมน ซูเปอร์แมนบอกแบทแมนให้ "ปกป้องมาร์ธา" ซึ่งมีชื่อเดียวกับแม่ของแบทแมน เลนมาถึงแล้วอธิบายสถานการณ์ทั้งหมดให้ทั้งคู่ฟัง แบทแมนจึงแยกไปช่วยมาร์ธา ส่วนซูเปอร์แมนไปพบลูเธอร์ที่ยานคริปโตไนต์

เมื่อแผนการไม่สำเร็จ ลูเธอร์ใช้แผนสำรองคือปล่อยดูมส์เดย์ สัตว์ประหลาดที่ตัดต่อพันธุกรรมจากดีเอ็นเอของซ็อดและของเขาเองออกมา ซูเปอร์แมน แบทแมนและพรินซ์ในชื่อ "วันเดอร์วูแมน" ร่วมกันต่อสู้กับดูมส์เดย์แต่สู้ไม่ได้ เมื่อพบว่าดูมส์เดย์จะอ่อนพลังเมื่อถูกคริปโตไนต์ ซูเปอร์แมนใช้หอกคริปโตไนต์แทงดูมส์เดย์จนตาย แต่ซูเปอร์แมนที่อ่อนแรงจากคริปโตไนต์เช่นกันก็ถูกดูมส์เดย์แทงตาย

ลูเธอร์ถูกจับกุมและถูกโกนศีรษะ เมื่อเวย์นไปเยี่ยม ลูเธอร์เย้ยหยันว่าเมื่อซูเปอร์แมนตายไป โลกก็อ่อนแอเกินกว่าจะต่อต้านสิ่งมีชีวิตนอกโลกที่มาคุกคาม ลูเธอร์ยังเตือนว่ากำลังมีบางสิ่งที่ใหญ่กว่านี้มาที่โลก มีการจัดงานรำลึกถึงซูเปอร์แมนที่เมืองเมโทรโปลิส คลาร์กถูกประกาศว่าเสียชีวิต เวย์น, เลน, มาร์ธาและพรินซ์มาร่วมงานศพของเขา มาร์ธามอบซองที่ภายในมีแหวนหมั้นของคลาร์กให้เลน ด้านเวย์นพูดคุยกับพรินซ์หลังงานศพว่าเขาตั้งใจจะสร้างทีมยอดมนุษย์เพื่อทำหน้าที่ปกป้องโลกหลังซูเปอร์แมนตาย โดยเริ่มจากค้นหาจากในเอกสารของลูเธอร์ เมื่อทั้งหมดกลับไป เศษดินรอบ ๆ โลงศพของคลาร์กก็เริ่มลอยขึ้น