ที่มาของชื่อ "แบร์น" นั้นไม่เป็นที่ชัดเจน เรื่องเล่าพื้นเมืองระบุว่าที่มาของชื่อมาจากการที่ดยุกแบร์โทลด์ที่ 5 แห่งเซริงเงิน (Berthold V. von Zähringen) ผู้ก่อตั้งเมืองแบร์น ประสงค์จะตั้งชื่อเมืองเป็นชื่อสัตว์ตัวแรกที่เขาพบระหว่างล่า และสัตว์ตัวนั้นก็คือหมี ซึ่งในภาษาเยอรมันออกเสียงว่า "แบร์" (Bär) บ้างก็บอกว่า ชื่อเมืองนี้ถูกตั้งตามชื่อเมืองเวโรนาในอิตาลี ซึ่งตอนนั้นมีชื่อเรียกในภาษาเยอรมันบนว่า "แบร์น" อย่างไรก็ตาม การศึกษาแผ่นเหล็กโกบันนุส (Gobannus tablet) ในปีค.ศ. 1980 ทำให้มีสมมติฐานใหม่ว่า ชื่อแบร์นอาจเป็นคำเรียกของชาวเคลต์ว่า "แบร์นา" (Berna) ที่มีความหมายว่าร่อง[6]