เกาะหลักของญี่ปุ่นสี่เกาะคือคีวชู ชิโกกุ ฮนชู และฮกไกโดอยู่ในแนวนูนชี้ไปยังมหาสมุทรแปซิฟิก ในขณะที่ร่องลึกก้นสมุทรที่อยู่ด้านตะวันตกของแผ่นแปซิฟิกจะนูนออกมาในทิศทางตรงกันข้ามกับแผ่นยูเรเชีย เปลือกโลกภาคพื้นทวีปที่ที่อยู่เหนือเขตมุดตัวเคยมีความเกี่ยวข้องกับแผ่นยูเรเชียมาก่อน แต่ทางเหนือของเกาะฮนชูและฮกไกโดในทางปฏิบัตินั้นเป็นส่วนหนึ่งของแผ่นอเมริกาเหนือแต่เนื่องจากขอบเขตของแผ่นมีรอยต่อที่ไม่ดีระหว่างไซบีเรียตะวันออกและอะแลสกา และมีแผนที่ก่อตัวขึ้นใหม่ทางตะวันออกของทะเลญี่ปุ่นจึงเรียกแผนที่กำเนิดใหม่ว่าแผ่นโอค็อตสค์ ขอบเปลือกโลกทางตะวันตกเฉียงใต้เรียกว่าเส้นแปรสัณฐานอิโตอิงาวะ-ชิซูโอกะ เป็นบริเวณที่มีรอยเลื่อนที่ตัดผ่านความกว้างใจกลางเกาะฮนชูแต่ก็ไม่ได้เกิดแผ่นดินไหวครั้งใหญ่ แม้ว่าจะมีการเคลื่อนไปทางตะวันตกมีรอยเลื่อนอาเตรา มิโบโระ อาโทสึงาวะและโนบิ รอยเลื่อนเหล่านี้ล้วนก่อให้เกิดแผ่นดินไหวใหญ่ แต่ได้มีสองเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นนอกเหนือจากรอยเลื่อนดังกล่าวคือแผ่นดินไหวในมิคาวะ ค.ศ. 1945 ที่ส่งผลกระทบในนาโงยะอันเนื่องมาจากรอยเลื่อนฟูโกซุ และแผ่นดินไหวในจังหวัดฟูกูอิ ค.ศ. 1948 ที่เกิดขึ้นใกล้กับทะเลญี่ปุ่น[6]