แพราเซลซัสเป็นผู้ริเริ่มการใช้แร่ธาตุและสารเคมีในทางการแพทย์ ในทางลึกลับเขามองว่าโรคภัยไข้เจ็บและสุขภาพนั้นขึ้นอยู่กับความลงตัวของมนุษย์และธรรมชาติ เขาใช้วิธีที่แตกต่างไปจากคนอื่นก่อนหน้านี้ การใช้การเปรียบเทียบนี้ไม่ได้อยู่ในลักษณะ ของจิตวิญญาณบริสุทธิ์ แต่อยู่ในลักษณะที่มนุษย์ต้องอยู่ในสมดุลของแร่ธาตุในร่างกาย และอาการเจ็บป่วยบางประการของร่างกายก็สามารถรักษาให้หายได้ด้วยสารเคมี

ผลจากแนวคิดเรื่องความสมดุลนี้ เปรียบมนุษย์ได้กับจักรวาลเล็ก ๆ ในจักรวาลใหญ่ ๆ ด้วยความรู้ภูมิปัญญาในสมัยนั้น ที่รู้จักดาวเคราะห์ 7 ดวง โลหะบนโลก 7 ชนิด และอวัยวะภายใน 7 อย่าง ด้วยความที่ 7 เป็นเลขพิเศษจึงแทนดาวเคราะห์ โลหะ และอวัยวะต่าง ๆ ตามตารางดังนี้

เชื้อโรคเกิดจากยาพิษจากดวงดาว แต่ยาพิษไม่จำเป็นต้องเป็นสิ่งที่เลวร้ายเสมอไป เพราะสารพิษบางตัวก็สามารถล้างพิษด้วยกันเองได้ ดังสุภาษิตที่ว่า สิ่งชั่วร้ายก็ทำลายกันเองได้ ด้วยเหตุนั้นจึงทำให้สารพิษเป็นผลดีในทางการแพทย์ เพราะทุกอย่างในจักรวาลมีความสัมพันธ์เกี่ยวโยงซึ่งกันและกัน สารที่เป็นประโยชน์ทางการแพทย์สามารถพบได้ในสมุนไพร และสารประกอบทางเคมี ความเห็นของแพราเซลซัสในเรื่องนี้ทำให้เขาถูกขับออกจากคริสตจักร ในฐานะผู้ที่ถามหาความแตกต่างระหว่างผู้สร้างและผู้ถูกสร้าง

เขาสรุปแนวความคิดของเขาว่า “คนจำนวนมากได้กล่าวถึงการเล่นแร่แปรธาตุว่าเราศึกษาเพื่อสร้างทองและเงินแต่สำหรับฉัน นั่นไม่ใช่เป้าหมายของการศึกษาเรื่องนี้เพราะเป้าหมายของฉันคือ การวิเคราะห์ฤทธิ์และคุณสมบัติในทางการแพทย์เท่านั้น”

ฮิปพอคราทีสได้หยิบยกเรื่องทฤษฏีที่ว่าอาการเจ็บป่วยนั้นเกิดจากความไม่สมดุลของของเหลวสี่อย่างในร่างกายอันได้แก่ เลือด เสมหะ น้ำดีดำ และน้ำดี แนวความคิดนี้ถูกนำไปต่อยอดโดยกาเลน ซึ่งมีอิทธิพลอย่างมากและถาวรต่อความเชื่อทางการแพทย์ จนกระทั่งช่วงกลางของทศวรรษที่ 185 การรักษาที่มีข้อโดดเด่นคือใช้อาหารเฉพาะที่จะช่วยในการช่วยชะล้างของเสียออกควบคู่กับการถ่ายเลือดออกเพื่อคืนความสมดุลให้กับของเหลวสี่ชนิดในร่างกาย ได้ถูกแพราเซลซัสเสนอแนวคิดใหม่ว่าอาการเจ็บป่วยในคนเรานั้นไม่ได้เกิดจากภายในแต่เกิดจากร่างกายถูกทำลายด้วยปัจจัยภายนอก

ผลงานชิ้นโบว์แดงของแพราเซลซัสคือการรักษาและแนวทางการป้องกันคนงานเหมืองจากเจ็บป่วยและอันตรายจากงานโลหะและเขายังเขียนหนังสือเรื่องร่างกายมนุษย์โต้แนวคิดของกาเลนอีกด้วย