ระหว่างสงครามโลกครั้งที่สอง เขาจัดหาที่พักให้แก่ผู้ลี้ภัยจากเกรเทอร์โปแลนด์ ซึ่งรวมถึงชาวยิว 2,000 คนที่เขาซ่อนไว้จากการเบียดเบียน (persecution) ของพวกนาซีในอารามของเขาใน Niepokalanów

วันที่ 17 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1941 เขาถูกเกสตาโปของเยอรมนีจับกุมและขังที่เรือนจำ Pawiak เมื่อวันที่ 28 พฤษภาคม เขาถูกโอนไปยังเอาชวิทซ์ เป็นนักโทษหมายเลข 16670

ปลายเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1941 มีนักโทษสามคนหายไปจากค่าย ทำให้เฮาพท์สทุร์มฟือแรร์ของเอสเอส (ยศเทียบเท่าร้อยเอก) คาร์ล ฟรีทซช์ รองผู้บัญชาการค่าย เลือกชาย 10 คนมาอดอาหารจนตายในบังเกอร์ใต้ดินเพื่อขัดขวางมิให้มีความพยายามหลบหนีอีก เมื่อหนึ่งในชายที่ถูกเลือก Franciszek Gajowniczek ร้องมาว่า "ภรรยาผม! ลูกผม!" คอลบีได้อาสาถูกเลือกแทนเขา[3]

ในห้องขังอดอาหารนั้น เขาทำพิธีมิสซาทุกวันนานเท่าที่เขาสามารถทำได้และทำพิธีศีลมหาสนิทแก่นักโทษอย่างลับ ๆ ระหว่างวัน ขนมปังที่ให้แก่นักโทษนั้นไม่ได้ใส่เชื้อฟูและสามารถใช้ในพิธีศีลมหาสนิทได้ ทหารยามที่มีใจสงสารมอบสิ่งของจำเป็นแก่เขา ซึ่งรวมถึงไวน์ ซึ่งเขาสามารถใช้ได้

เขานำนักโทษทั้งหลายร้องเพลงและอธิษฐาน ตลอดจนให้กำลังใจโดยบอกพวกเขาว่าจะอีกไม่นานจะได้ไปอยู่กับพระนางมารีย์พรหมจารีบนสวรรค์ แต่ละครั้งที่ทหารยามมาตรวจดูเขา จะพบว่าเขากำลังยืนหรือคุกเข่าอยู่กลางห้องขังและมองอย่างสงบไปยังทุกคนที่เข้ามา หลังจากการอดน้ำและอดอาหารมาสองสัปดาห์ มีเพียงคอลบีเท่านั้นที่ยังรอดชีวิต ทหารยามต้องการให้บังเกอร์ว่างเปล่า ดังนั้นจึงจัดการฉีดกรดคาร์บอลิกให้คอลบีเสียชีวิต บางคนที่อยู่ในเหตุการณ์นั้นกล่าวว่า เขายกแขนซ้ายขึ้นและรอคอยการฉีดอย่างสงบ[4] ร่างของเขาถูกเผาในวันที่ 15 สิงหาคม ตรงกับวันฉลองแม่พระรับเกียรติยกขึ้นสวรรค์