แอกิปเทียกา (Αἰγυπτιακά, Aigyptiaka), "ประวัติศาสตร์แห่งอียิปต์" อาจจะเป็นผลงานชิ้นใหญ่ที่สุดของแมนิโธ และแน่นอนว่าเป็นงานที่สำคัญที่สุดเช่นกัน ซึ่งถูกแบ่งลำดับเวลาและแบ่งออกเป็นสามเล่ม การแบ่งผู้ปกครองออกเป็นราชวงศ์นั้นเป็นวิธีการจัดกลุ่มใหม่ อย่างไรก็ตาม แต่ไม่ได้ใช้คำนี้ในความหมายสมัยใหม่ แต่โดยสายเลือด แต่มักจะเสนอราชวงศ์ใหม่เมื่อใดก็ตามที่ตรวจพบความไม่ต่อเนื่องบางอย่าง ไม่ว่าจะเป็นทางภูมิศาสตร์ (ราชวงศ์ที่สี่จากเมมฟิส ราชวงศ์ที่ห้าจากเอเลแฟนไทน์) หรือลำดับของราชวงศ์ (โดยเฉพาะอย่างยิ่งในราชวงศ์ที่หนึ่ง โดยที่แมนิโธได้จะสื่อว่าฟาโรห์ที่สืบต่อกันมาแต่ละพระองค์ถือว่าเป็น "พระราชโอรส" ของฟาโรห์พระองค์ก่อน เพื่อนิยามความหมายของคำว่า "ความต่อเนื่อง") ในส่วนบนของตารางลำดับราชวงศ์ แมนิโธเติมช่องว่างด้วยเรื่องเล่ามากมายของฟาโรห์

บางคนเสนอ[ต้องการอ้างอิง]ว่า แอกิปเทียกา ถูกเขียนขึ้นเพื่อแข่งขันกับหนังสือ Histories ของเฮโรโดตัส เพื่อบันทึกหลักฐานประวัติศาสตร์ของชาติอียิปต์ ซึ่งไม่เคยปรากฏมาก่อน จากมุมมองนี้ Against Herodotus อาจจะเป็นเอกสารฉบับย่อหรือเป็นเพียงส่วนหนึ่งของ แอกิปเทียกา ที่เผยแพร่อย่างอิสระ แต่่น่าเสียดายที่ในปัจจุบันทั้งเอกสารสองไม่หลงเหลือในรูปแบบดั้งเดิม

เอกสารทั้งสองฉบับของชิ้นส่วนของ แอกิปเทียกา ของแมนิโธได้ถูกแปลเป็นภาษาอังกฤษ ซึ่งได้รับการตีพิมพ์โดยวิลเลียม กิลแลน วัดเดลล์ ในปี ค.ศ. 1940 และโดย เจอรัลด์ พี. เวอร์บรูกก์ และจอห์น มัวร์ วิกเกอร์สแฮมในปี ค.ศ. 2001[5]