การเสกสมรสระหว่างแมรีแห่งโมดีนาและสมเด็จพระเจ้าเจมส์ที่ 2 เป็นการแต่งงานที่มีผลทางด้านการสืบราชบัลลังก์และทางการเมือง เพราะสมเด็จพระเจ้าเจมส์มีพระราชธิดาผู้เป็นโปรเตสแตนต์อยู่แล้วสองพระองค์เจ้าหญิงแมรีและเจ้าหญิงแอนน์จากการเสกสมรสครั้งแรกกับโปรเตสแตนต์ ถ้ามีพระราชโอรสกับแมรีแห่งโมดีนาพระองค์ก็จะเป็นพระมหากษัตริย์ในอนาคต--พระมหากษัตริย์โรมันคาทอลิก แมรีจะทรงเป็นผู้มีพระสิริโฉมงดงามและทรงเป็นผู้มีเสน่ห์—ที่ทำให้พระเจ้าเจมส์ที่ 2 ทรงตกหลุมรักในที่สุด—แต่ประชาชนชาวอังกฤษไม่นิยมในตัวพระองค์เพราะทรงเป็นโรมันคาทอลิก และขนานพระนามให้แก่พระองค์ว่า “Madame East” นอกจากนั้นก็ยังมีข่าวลือกันว่าทรงเป็นสายลับของพระสันตะปาปาคลีเมนต์ที่ 10 ผู้ทรงเป็นผู้หนุนหลังการเสกสมรสของพระองค์ ระหว่าง “การคบคิดโพพพิช” ในปี 1678) ที่โคลมันพระราชเลขาธิการของพระองค์มีส่วนเกี่ยวข้อง พระราชินีแมรีและพระเจ้าเจมส์ก็แอบหนีไปต่างประเทศอย่างเงียบๆ

พระราชโอรสองค์แรกสิ้นพระชนม์เมื่อกำเนิดในปี ค.ศ. 1674 องค์ต่อมาอีกหลายพระองค์ก็สิ้นพระชนม์ตั้งแต่ยังเป็นทารกหรือยังทรงพระเยาว์ หลังจากพระเจ้าเจมส์ขึ้นครองราชย์ในปี ค.ศ. 1685 ปัญหาที่ว่าพระราชินีแมรีจะมีพระราชโอรสได้หรือไม่กลายเป็นปัญหาสำคัญ เพราะพระราชโอรสที่เกิดขึ้นจะได้รับการเลี้ยงดูอย่างโรมันคาทอลิกและขึ้นครองราชบัลลังก์เป็นพระมหากษัตริย์เมื่อเจริญพระชนม์ขึ้น

ในปี ค.ศ. 1688 พระราชินีแมรีก็ทรงให้กำเนิดแก่เจมส์ ฟรานซิส เอ็ดเวิร์ด สจวต เหตุการณ์นี้ทำให้มีการคาดการณ์กันไปต่างๆ นาๆ เช่นเด็กที่เกิดขึ้นไม่ใช่พระราชโอรสที่แท้จริงแต่เป็นเด็กที่ถูกแอบนำเข้ามาแทนพระโอรสที่สิ้นพระชนม์ไป หรือพระราชินีแมรีมิได้มีพระราชโอรสจริง หนังสือพิมพ์บรอดชีทส์ (Broadsheets) รายงานว่าพระราชินีแมรีทรงยัดหมอนให้ดูเหมือนทรงครรภ์ หรือทรงมีชู้กับผู้สารภาพบาป แต่จะอย่างไรก็ตามการกำเนิดของทารกที่เป็นชายเป็นเรื่องใหญ่ทางการเมือง แต่ข่าวลือต่างๆ ก็รุนแรงจนพระเจ้าเจมส์ต้องจัดให้มีการเรียกประชุมองคมนตรีถึงสองครั้งเพื่อจะฟังคำให้การที่พิสูจน์ว่าเด็กที่เกิดมาเป็นพระราชโอรสของพระองค์และพระราชินีแมรีที่แท้จริง แต่เจ้าหญิงแอนน์พระราชธิดาไม่ทรงเชื่อ