ด้วยเหตุที่แมวป่าหัวแบนอาศัยและหากินอยู่ริมน้ำ มันจึงได้รับผลกระทบอย่างรุนแรงจากมลภาวะทางน้ำ โดยเฉพาะการปนเปื้อนของน้ำมัน คลอรีน และโลหะหนักที่ได้จากการทำเกษตรเคมีและการทำไม้ โดยสารพิษเหล่านี้จะเข้าสู่ร่างกายผ่านทางอาหารของมัน นอกจากนี้ การเปลี่ยนแปลงสภาพของแหล่งน้ำที่หากินของแมวป่าหัวแบนเพื่อขยายที่ดินทำกินของมนุษย์ก็ทำให้มันลดจำนวนลงเช่นกัน