แม่น้ำคองโก (อังกฤษ: Congo River, Kongo River) หรือ แม่น้ำซาอีร์ (อังกฤษ: Zaire River) เป็นแม่น้ำที่ใหญ่ที่สุดทางตะวันออกกลางของแอฟริกา มีความยาวรวม 4,700 กม. (2,920 ไมล์) ทำให้เป็นแม่น้ำที่ยาวที่สุดเป็นอันดับ 2 ของทวีปแอฟริกา (เป็นรองแม่น้ำไนล์) และถือเป็นแม่น้ำที่ยาวที่สุดเป็นอันดับ 8 ของโลก และเป็นแม่น้ำที่มีความลึกที่สุดในโลก ในจุดที่ลึกสุด ลึกถึง 720 ฟุต (228.6 เมตร)[1] แม่น้ำสายนี้ไหลผ่านประเทศคองโก แองโกลา แซมเบีย แทนซาเนีย บุรุนดี รวันดา และไหลลงสู่มหาสมุทรแอตแลนติกในที่สุด