จากการสำรวจสภาพน้ำของแม่น้ำลพบุรีในปี พ.ศ. 2546 พบว่าอยู่ในเกณฑ์พอใช้[10] และจากการสำรวจในปี พ.ศ. 2554 พบว่าแม่น้ำลพบุรีมีคุณภาพน้ำที่ดีขึ้นกว่าปีที่แล้ว อยู่ในเกณฑ์เสื่อมโทรมมากร้อยละ 25 และอยู่ในเกณฑ์ดีร้อยละ 25[11] อย่างไรก็ตามในปัจจุบันแม่น้ำลพบุรีมีปัญหาโคลนตมและวัชพืชสะสมจนตื้นเขิน[1]

แม่น้ำลพบุรียังมีความสมบูรณ์อยู่มาก โดยกรมประมงได้มีการปล่อยปลา และกุ้งจำนวนมาก เนื่องในโอกาสพิธีสำคัญต่าง ๆ[12]